Im Generalgouvernement, dem von den Nationalsozialisten besetzten Teil Polens, das in die Distrikte Warschau, Radom, Krakau, Lublin und Ostgalizien gegliedert war, lebten rund zwei Millionen Juden.
Am 16. Dezember 1941 rief Hans Frank, Generalgouverneur, sein Kabinett zusammen und verkündete, daß Reinhard Heydrich, der Chef des Reichssicherheitshauptamtes (RSHA), eine wichtige Konferenz plane. An dieser Zusammenkunft sollte Franks Stellvertreter Dr. Josef Bühler teilnehmen.
Bühler war einer von 15 führenden Nazis, die am 20. Januar 1942 an der sogenannten Wannseekonferenz teilnahmen. Auf dieser Konferenz wurde die Tätigkeit der an der „Endlösung“ teilnehmenden Instanzen koordiniert und Bühler drängte darauf, daß die „Judenfrage“ des Generalgouvernements möglichst schnell gelöst werde.
Zu Ehren Heydrichs, der im späten Frühjahr 1942 einem Attentat zum Opfer fiel, bezeichnete die SS die Vernichtung der Juden des Generalgouvernements mit dem Decknamen „Aktion Reinhard“. Die Planung für den Massenmord an den Juden war jedoch schon vor der Wannseekonferenz in vollem Gange. Drei Lager sollten unter der Leitung der SS-Offiziere Odilo Globocnik und Christian Wirth gebaut werden, deren Hauptzweck in der Vernichtung von Juden bestand. Mit einem aus Angehörigen der SS, der Polizei, rasch ausgebildeten Ukrainern und ehemaligen Führungskräften der Euthanasieaktion bestehenden Personal sollten die Lager Treblinka, Sobibor und Belzec als Todesfabriken gebaut werden. In den 21 Monaten der Aktion Reinhard von März 1942 bis November 1943 wurden über 1,7 Millionen Juden, die meisten von ihnen aus dem Generalgouvernement, vergast. Die konzentriert angelegten Todesfabriken waren mit Diesel- und Benzinmotoren zur Erzeugung von Kohlenmonoxyd für die Gaskammern ausgerüstet. Die Standorte der Lager waren so gewählt, daß sie abseits der bevölkerungsreichen Gegenden lagen, aber mit der Bahn gut erreichbar waren. Aus Tarnzwecken wurden Umsiedlungsaktionen in den Osten vorgegeben. Das Lager Belzec, das am 17. März 1942 in Betrieb genommen wurde, erfüllte diese Kriterien. Es war nur knapp einen Km von der Bahnlinie zwischen Lublin und Lnow entfernt. Etwa 600.000 Juden wurden hier in relativ kurzer Zeit getötet. In Sobibor, wo das Morden im Frühjahr 1942 im großen Umfang begann, nutzte man ebenfalls die Nähe zu einer großen Eisenbahnlinie. 250.000 Menschen wurden hier in den Gaskammern ermordet. In Treblinka begann man am 23. Juli 1942 mit der Massenvernichtung. Dieses abseits gelegene Lager an der Bahnlinie zwischen Warschau und Bialystok befand sich in der Nähe von Hunderten isolierter jüdischer Gemeinden. Bis zu seiner Schließung im Herbst 1943 wurden zwischen 700.000 und 900.000 Menschen in diesem Lager ermordet.
Aus Theresienstadt wurden zwischen dem 19. September 1942 und dem 22. Oktober 1942, also innerhalb von nur einem Monat, 18.040 jüdische Gefangene in 10 Transporten nach Treblinka deportiert und dort umgebracht.
