Im Zusammenhang mit dem verstärkten Terror gegen das tschechische Volk erweiterte sich der Verfolgungs- und Unterdrückungsapparat der deutschen Okkupanten im Protektorat Böhmen und Mähren. Um die wachsende Zahl der Verhafteten unterbringen zu können, suchte die Gestapo neue geeignete Objekte. Bereits im März 1940 richtete der Befehlshaber der Sicherheitspolizei und des Sicherheitsdienstes (SD) in Prag, Dr. W. Stahlecker, einen Antrag an Reinhard Heydrich in Berlin, in dem um die Bewilligung eines neuen Gefängnisses in Theresienstadt nachgesucht wurde.
Im Juni 1940 übernahm die Dienststelle der Prager Gestapo die Kleine Festung (Malá pevnost) Theresienstadt und errichtete dort ein Gefängnis.
Die Kleine Festung eignete sich aufgrund der leicht zu bewerkstelligenden Bewachung und der Nähe zu Prag gut für die Absicht der Gestapo, hier politische Häftlinge gefangenzuhalten. Das Gefängnis wurde von der Prager Gestapoleitstelle verwaltet und unterstand dem Kommando des Gefängnisses Pankrác in Prag. In die Kleine Festung Theresienstadt wurden verhaftete Personen von den Gestapodienststellen in Böhmen, ab 1944 auch aus Mähren und aus den abgetrennten Grenzgebieten eingeliefert.
Waren es anfangs nur Männer, so wurde im Juni 1942 eine Frauenabteilung gebildet. Die Bedeutung des Gefängnisses wuchs. Von März bis Juni 1944 wurden seine Räumlichkeiten auch vom KZ Flossenbürg und von der Gerichtsabteilung des Prager Pankrác-Gefängnisses genutzt.
In den ersten Jahren war es zwei Höfe, die für die Unterbringung der Gefangenen in alten, meist in die Festungswälle gebauten, kasemattenartigen Zellen zur Verfügung standen. Als dritter Hof kam im Juni 1942 die Frauenabteilung dazu. Da die Zahl der Gefangenen ständig stieg, mußte in den Jahren 1943 bis 1944 der sogenannte IV. Hof zwischen zwei Befestigungswällen von den Häftlingen erbaut werden, dessen Einzel- und Massenzellen für Männer vorgesehen waren.
Kommandant des Gefängnisses wurde SS-Hauptsturmführer Heinrich Jöckel. Er wohnte mit seiner Familie und anderen Offizieren im Herrenhaus der Kleinen Festung. Die Wachmannschaften wurden in der Anfangszeit aus Gestapoangestellten und Mitgliedern der Schutzpolizei (Schupo) gebildet. Im Frühjahr 1941 übernahmen Mitglieder der SS die Aufsichtsfunktion. Zu den bekanntesten und von den Häftlingen wegen ihrer Brutalität am meisten gefürchtetsten SS-Leuten gehörten Jöckels Stellvertreter W. Schmidt, weiter S. Rojko, A. Malloth, R. Burian, A. Neubauer und H. Mende. Alle hier genannten Aufseher nahmen nachweislich an Mißhandlungen, Folterungen und Ermordungen von Häftlingen teil. Die Aufsicht in der Frauenabteilung wurde u.a. von den Ehefrauen der Aufseher ausgeübt, z.B. von C. Rojko, E.Schmidt, H. Menge und A. Neubauer.
Zur Bewachung der Kleinen Festung war die 1. Kompanie des SS-Wachbataillons „Böhmen und Mähren“ eingesetzt, die am 1. November 1940 antrat. Im April 1942 wurde sie durch die 2. Kompanie des SS-Wachbataillons „Prag“ ersetzt. Zu den Pflichten der Wachmannschaft gehörte auch die Begleitung von Häftlingen zu Arbeiten außerhalb der Festung. Gegen Kriegsende wurden einige SS-Männer aus der Wachmannschaft durch Feldgendarmen aus dem Banat ersetzt.
Die Aufseher benutzten die Häftlinge in der Verwaltung. Aus ihren Reihen suchten sie geeignete Helfer und machten sie zu Kapos. Einige dieser Kapos mißbrauchten ihre Stellung und nahmen gemeinsam mit den Aufsehern an der Mißhandlung von Gefangenen teil.
Die Kleine Festung blieb bis zur Befreiung im Mai 1945 Gestapogefängnis. Etwa 32.000 Personen (27.000 Männer und 5.000 Frauen) wurden während der Jahre zwischen 1940 und 1945 hier eingeliefert, inhaftiert und dann in andere Konzentrationslager und Zuchthäuser überstellt. Während die durchschnittliche Anzahl der Häftlinge im Jahre 1940 bei 150 lag, wuchs sie auf 600 im Jahre 1941 und 1.200 im Jahr 1942. 1943 und 1944 waren es durchschnittlich 2.000 Häftlinge. In den letzten Kriegswochen war das Gefängnis überfüllt und erreichte mit 5.500 Gefangenen einen Höchststand.
Die Haftgründe waren mannigfaltig. Widerstandshandlungen aller Art, Hilfeleistung an von der Gestapo gesuchte Bürger, Übertretung antijüdischer Vorschriften und Anordnungen, Arbeitsvergehen, Sabotage und wirtschaftliche Delikte.
Unter den Gefangenen waren viele Angehörige der Widerstandsorganisationen, Angehörige der früheren tschechoslowakischen Armee, der bürgerlichen Opposition und der illegal arbeitenden KPTsch. Etwa 130 Funktionäre des im Herbst 1941 liquidierten Turnvereins „Sokol“ wurden in Theresienstadt eingesperrt und wenig später nach Auschwitz deportiert. Nach dem Attentat auf Heydrich wurden Hunderte von verdächtigen Personen in das Gestapogefängnis gebracht, 252 von ihnen nach Mauthausen deportiert und dort ermordet. In dieser Phase des 2. Standrechtes wurde auch eine Gruppe von Mittelschülern aus Roudnice in Tschechien inhaftiert, von denen 12 nicht heimkehrten.
Eines der Ziele nationalsozialistischer Politik im Protektorat war von Anfang an die Unterdrückung der Intelligenz als potentielle Quelle des Widerstandes. Allein aus diesem Grunde wurden viele Persönlichkeiten des tschechischen kulturellen, wissenschaftlichen und gesellschaftlichen Lebens in Theresienstadt inhaftiert. Mehr als 1.500 Juden passierten das Gestapogefängnis.
Mehr als 2.500 Häftlinge kamen im Gefängnis ums Leben, starben aufgrund der schlechten Haftbedingungen, einer unzureichenden Ernährung, aufgrund von Krankheiten und fehlender medizinischer Hilfe, aufgrund der katastrophalen hygienischen Bedingungen. Sie starben an Flecktyphus, wurden zu Tode geprügelt oder hingerichtet. Es waren Oppositionelle aller gesellschaftlichen Schichten, Arbeiter, Wissenschaftler, Ärzte, Priester, Juden, sowjetische Kriegsgefangene, Frauen und Männer, die von der Gestapo verhaftet und nach Theresienstadt deportiert wurden, wo sie auf ihr Urteil warteten, um dann hingerichtet oder zur Verbüßung einer langjährigen Haftstrafe in ein anderes Lager, Gefängnis, Zuchthaus oder KZ überführt zu werden. Unter den Häftlingen, die das Gestapogefängnis passierten, befanden sich etwa 2.500 Angehörige fremder Staaten, Bürger der Sowjetunion, Briten, Polen, Franzosen und Deutsche, u.a. britische und sowjetische Kriegsgefangene.
Obwohl das ein Jahr später in der Großen Festung (Velká pevnost) eingerichtete Ghetto Theresienstadt organisatorisch und verwaltungsmäßig nichts mit dem Gestapogefängnis zu tun hatte, wurden immer wieder jüdische Häftlinge aus dem Ghetto in die Kleine Festung (Malá pevnost) überstellt. Der Grund war oftmals ein Übertreten der von der SS im Ghetto erlassenen Regeln wie z.B. die Verletzung des Briefschreibeverbots. Die Überstellung in die Kleine Festung, wo es auf dem 1.Hof eine „Jüdische Zelle“ gab, war meistens gleichbedeutend mit einem Todesurteil.
Die Bedingungen der Haft waren äußerst brutal. Die Gefangenen wurden oftmals gleich nach ihrer Ankunft blutig geprügelt. Die Lebensmittelrationen wurden im Verlauf des Krieges immer weiter reduziert und lagen schließlich unter dem Existenzminimum. Die vorgeschriebenen 370 Gramm Brot wurden nur in der ersten Zeit ausgegeben, später sank die Ration auf 250 Gramm. Neben dem Brot bekam ein Häftling einen Schöpflöffel Kaffee-Ersatz und als Hauptmahlzeit eine dünne „Gemüsesuppe“. Die einzige Aufbesserung der mageren Gefängniskost stellten Lebensmittelpakete von Zuhause dar, die von den Aufsehern kontrolliert und nicht selten ausgeraubt wurden.
Die Häftlinge waren von der Außenwelt isoliert. Die einzige legale Verbindung stellte der Postverkehr dar. Auf einer Postkarte durften sie einmal im Monat einige Zeilen mit deutschem Text abschicken. Die Postkarten unterlagen der Zensur durch die Aufsichtsbeamten. Unzensierte Nachrichten konnten nur in Form von Kassibern und dank der Mithilfe von Außenstehenden weitergeben werden. Hier halfen viele der Einwohner Theresienstadts.
Die Häftlinge des Gefängnisses waren zur Arbeit verpflichtet. In den Jahren 1940-41 wurden sie vor allem zu Arbeiten innerhalb des Gefängnisses herangezogen, später dann wurden Außenkommandos gebildet, die in der Landwirtschaft, in der Industrie und im Verkehrswesen eingesetzt wurden.
Das 1943 aus etwa 200 Häftlingen bestehende Baukommando wurden vom Aufseher T. Soukup geleitet, der die Häftlinge bei der Arbeit systematisch quälte. Sein erster Bau war im Jahre 1942 die Errichtung eines Schwimmbeckens für die SS-Familien. Neben vielen Juden, waren vor allem Roudnicer Schüler Mitglieder dieses Arbeitskommandos. Das unmenschliche Arbeitstempo, den Mangel an Arbeitsmaterial und Arbeitsgerät und Soukups Sadismus bezahlten viele Häftlinge mit dem Tod.
Eine weitere Arbeitsgruppe wurde als das Storchenkommando bezeichnet, weil der Aufseher Storch die Leitung innehatte. Dieses Kommando wurde hauptsächlich in der Landwirtschaft und bei Erdarbeiten in der Nähe der Kleinen Festung eingesetzt. Storch quälte und erschlug vor allem jüdische Häftlinge mit Unterstützung einiger Kapos.
1941 entstanden die Häftlingswerkstätten, in denen Pritschen, Särge, Möbel für die SS-Kantine und Schreibstuben, aber auch für die privaten Belange der Aufseher hergestellt wurden. Der Leiter der Werkstätten, der Aufseher J. Sternkopf, verhielt sich den Häftlingen gegenüber anständig und tolerierte sogar einige ihrer illegalen Aktivitäten.
In der Gefängnisdruckerei wurden Postkarten und Formulare für die Gefängnisverwaltung hergestellt. Die Mitglieder des Versorgungskommandos hatten als einzige die Möglichkeit, bei ihren Einkäufen und Botengängen Kontakt zu den Einwohnern der umliegenden Dörfer aufzunehmen.
Die Verpflegung des Gefängnisses wurde von der Häftlingsküche sichergestellt.
Die weiblichen Häftlinge wurden zur Landarbeit oder zur Viehbetreuung eingesetzt, halfen in der Wäscherei oder bei der Reparatur von Bekleidung.
Im Jahr 1941 ordnete die Prager Gestapo den Einsatz der Theresienstädter Häftlinge außerhalb des Gefängnisses an. 55 Pfennig sollten die Arbeitgeber für 1 Stunde Häftlingsarbeit bezahlen. In den Jahren 1941/42 bereiteten 30–40 Häftlinge die Kellerräume der ehemaligen Elbschloßbrauerei für eine kriegswichtige Produktion vor, ab 1944 beteiligte sich ein anderes Kommando an der Herstellung von Flugzeugpropellern in dem neueingerichteten Betrieb der Albis-Werke.
Bis zu 300 Häftlinge arbeiteten im Kommando Reichsbahn, das für die Instandhaltung der Bahnstrecke verantwortlich war, Waggons be- und entlud. Weitere Arbeitsgruppen fuhren in die Schlicht-Fabrik nach Aussig (Usti nad Labem), arbeiteten bei der Firma Sputh in Lobositz (Lovosice), im Benzinlager Hnevice und in den Ziegelfabriken der Umgebung.
Beim Bau von Befestigungen und Panzergräben in der Nähe von Litoměřice wurden hunderte von Häftlingen eingesetzt. Die Wachmannschaften, gestellt von der Nachrichtenschule der Waffen-SS in Litoměřice, behandelten die Häftlinge brutal, erschlugen oder erschossen sie , wenn sie – knietief im Grundwasser arbeitend - nicht mehr weiter konnten.
Häftlinge aus Theresienstadt arbeiteten in den Jahren 1943 und 1944 in den Eisenhütten Kladnos und wurden bei Bau des Kladnoer Stadions und des Gestapogefängnisses eingesetzt. Ein Arbeitskommando, vorwiegend aus jüdischen Häftlingen bestehend, wurde in Trutnow (Trautenau) bei Waldarbeiten eingesetzt. Weitere Kommandos wurden gegen Ende des Krieges bei Befestigungsarbeiten im Raum Hradec Králové (Königgrätz) zur Arbeit gezwungen.
Zwischen 300 und 1.000 Häftlinge der Kleinen Festung wurden ständig dem sogenannten Kommando „Richard“ zugeteilt, das beim Aufschießen von unterirdischen Produktionshallen unter dem Berg Radobýl bei Litoměřice eingesetzt wurde. Sie mußten den herausgesprengten Kalkstein „wegschaffen“, bauten Verkehrswege, verlegten Gleise, errichteten einen Umschlagplatz, ein Wasserwerk, Büros und Lagerräume. Die Arbeit war schwer und gefährlich, das Kommando gefürchtet.
Die in die Befestigungsanlagen eingebauten Zellen des 1. bis 3. Hofes waren dunkel und feucht und von 60 bis 90 Personen belegt, die in dreistöckigen Pritschen schlafen mußten. Die Massenzellen auf dem von den Häftlingen erbauten sogenannten 4. Hof zwischen den Befestigungswällen waren mit 450–600 Häftlingen belegt. Die Teerpappendächer mit einem gläsernen Lichteinfall in der Mitte ließen im Winter die Wärme entweichen, im Sommer hitzten sie die Zellen auf. Die hygienischen Einrichtungen waren völlig unzureichend (2 Toiletten für 500 Häftlinge). Stundenlange Appelle und vor allem die Arbeitseinsätze in der unterirdischen Fabrik „Richard“ bei Litoměřice, zu denen vor allem Gefangene des 4. Hofes herangezogen wurden, zehrten an den Kräften der Häftlinge, denen die Losung „Arbeit macht frei“ über dem Tor zum Ersten Hof wie Hohn vorgekommen sein muß. In den Einzelzellen und auf dem danebenliegenden Hof wurden Häftlinge systematisch zu Tode geprügelt. Auf kleinste Vergehen stand Strafverschärfung.
Der schlechte Gesundheitszustand wurde durch die Feuchtigkeit und die miserablen hygienischen Bedingungen in den überfüllten Zellen gefördert. Die Häftlinge bekamen bei ihrer Ankunft ausgemusterte Uniformen der tschechischen Armee. Ihre Wäsche durften sie anfangs behalten und in Abständen zum Waschen nach Hause schicken. Im Februar 1945 wurde diese Tauschwäsche jedoch beschlagnahmt. Die Zellen wurden ungenügend beheizt. Dünne Decken schützten nicht vor der Kälte. In den Zellen vermehrten sich Läuse und Flöhe ungehindert. Die Entlausung der Häftlinge und ihrer Kleidung verlief unregelmäßig, was 1945 zur Verbreitung tödlicher Epidemien führte.
Die Gesundheitspflege war Sache des Polizeiarztes, der in der Ausübung seiner Arbeit sich mehr um die Aufseher als um die Häftlinge zu bemühen hatte. Anfangs gab es für diese nicht einmal eine Krankenstube. Diese wurde erst Ende August 1940 auf Anregung zweier Häftlingsärzte von Jöckel genehmigt und später durch zwei weitere Zellen ergänzt. Die Ausstattung dieses „Krankenreviers“ mit medizinischen Geräten und Medikamenten war jedoch äußerst mangelhaft. Im November 1944, nach Ausbruch der Dysenterie-Epidemie (Durchfallerkrankung) wurde neben der Gärtnerei ein Krankenrevier eingerichtet.
Trotz mangelhafter Ausstattung führten die selbst als Häftlinge im Gefängnis einsitzenden Ärzte eine Reihe von anspruchsvollen Eingriffen durch wie z.B. Blinddarmoperationen, Beinamputationen und Bluttransfusionen. Kleinere Eingriffe führten sie direkt in der Zelle durch, die sie regelmäßig besuchen durften. Dabei mußten die Medikamente von den Häftlingen selbst bezahlt werden. Oberst Svoboda, der in den sechziger Jahren junge Deutsche bei der Friedensdienstarbeit in Theresienstadt betreute und der 1943 als Häftling in Theresienstadt war, berichtete, daß die Häftlinge solidarisch zusammenlegten, um die teuren Medikamente bezahlen zu können.
Krankenhauseinweisungen bei schwerwiegenden Erkrankungen, wurden nur sehr selten genehmigt.
Die Häftlinge halfen sich untereinander. Leo Haas, tschechischer Jude und Maler, der wegen seiner Zeichnungen aus dem Ghetto in die Kleine Festung überstellt wurde, berichtete, wie er in der Jüdischen Zelle des 1.Hofes ohne Narkose von einem mitinhaftierten Arzt am Blinddarm operiert worden ist.
Im April/Mai 1945 war das Gestapogefängnis mit 5.500 Häftlingen stark überfüllt. Immer wieder hatte das Gefängnis Häftlinge aufnehmen müssen, die mit sogenannten Todestransporten aus Lagern des Ostens gekommen waren. Es wird vermutet, daß sie oder Mitglieder des Arbeitskommandos Richard es waren, die den Flecktyphus mitbrachten, der im Frühjahr 1945 ausbrach und sich bei den schlechten hygienischen Verhältnissen gerade in den überfüllten Zellen des 4. Hofes schnell ausbreitete.
Durch die Krankheitsfälle wurde die Zahl der arbeitsfähigen Häftlinge stark reduziert. Neben der Ansteckungsgefahr war dies der Grund dafür, daß die Außenkommandos Ende April aufgehoben wurden. Auf Drängen der inhaftierten Ärzte entließ Kommandant Jöckel am 1. Mai 1945 etwa 220 meist tuberkulosekranke Häftlinge.
Die genaue Zahl der in der Kleinen Festung von der SS durchgeführten Hinrichtungen ist nicht bekannt, da viele dieser Hinrichtungen bei Nacht und Nebel, oftmals auf Bitten der Ghettokommandantur (wie bei den Kindern aus Bialystok), durchgeführt und nicht registriert wurden. Die Anzahl dürfte zwischen 250 und 300 liegen. Viele dieser Hinrichtungen fanden ohne rechtsgültiges Gerichtsurteil, sondern allein aufgrund der Gestapoanordnung „Sonderbehandlung“ statt.
Die Hinrichtungen, die vorwiegend auf der zwischen den Wällen im Südosten der Kleinen Festung liegenden ehemaligen Militärschießstätte stattfanden, wurden in der Regel von Mitgliedern der Wachmannschaft durchgeführt. Oftmals nahmen jedoch auch die Aufseher daran teil. Nicht selten wurden die „zum Tode Verurteilten“ vor der Hinrichtung gefoltert. Mit einer Art von Besessenheit meinten die dort Dienst tuenden SS-Männer, sie müßten vor allem den jüdischen Menschen erst noch den ihnen angehängten Makel der Minderwertigkeit spüren lassen. Die zum Tode verurteilten Häftlinge wurden an einem als Kugelfang dienenden Sandhaufen vor einer Ziegelmauer aufgestellt. Die Schützen des Exekutionskommandos lagen nebeneinander unter einem vor Sonne und Regen schützenden Dach. Nicht selten sahen die Angehörigen der SS-Offiziere von einem über dem Hinrichtungsplatz emporragenden Wall, dem sogenannten Balkon, den Hinrichtungen zu. Nur in einem einzigen Fall wurde die Hinrichtung durch Erhängen durchgeführt.
Die erste belegte Hinrichtung ist die Erschießung des Kommunisten Frantisek Prokop am 11. Mai 1943. Hingerichtet wurden sowohl Einzelpersonen als auch Mitglieder von Widerstandsgruppen, sowjetische Partisanen, Mitglieder von westlichen oder östlichen Fallschirmspringergruppen und zur Bestrafung aus dem Ghetto zugeführte jüdische Häftlinge. Am 04. November 1944 wurden im Zuge der „Sippenhaftung“ neun Verwandte von J.Kužela und J. Matička hingerichtet, die versucht hatten, ein Flugzeug im Rahmen des Slowakischen Volksaufstandes zu entführen. Am 28. September 1944 wurde in der Kleinen Festung Dr. Paul Eppstein erschossen, der zweite Judenältesteste des Ghettos Theresienstadt. Mehrere Personen wurden im Rahmen der Liquidierung unheilbar Kranker im Gestapogefängnis ermordet.
Die letzte Hinrichtung fand am 2. Mai 1945 auf dem Hinrichtungsplatz zwischen den Wällen im Südosten der Festung statt.
Zwischen 1940 und 1945 kam es zu einer Reihe von Fluchtversuchen, von denen nur wenige gelangen. Die isolierte Lage der Kleinen Festung, die hohen, zum Teil mit Stacheldrahtverhauen versehenen Festungsmauern, boten schlechte Bedingungen für eine Flucht. Bekannt geworden sind vor allem Fluchtversuche aus den Jahren 1944 und 1945. In der Nacht vom 10. auf den 11.Juli 1944 flohen aus den Einzelhaftzellen des 1.Hofes die beiden Häftlinge Adolf Szinay-Szabo und Ladislav Malý. Adolf Szinay-Szabo wurde als erster gefaßt und im September 1944 von den Aufsehern des Gefängnisses brutal erschlagen. L. Malý wurde am 20. Dezember 1944 in der Kleinen Festung hingerichtet.
Am 6.12.1944 gelang die Flucht von Miloš Ešner, Josef Mattas und Frantisek Maršik. Sie nutzten eine Bresche in den Mauern neben der Gärtnerei, ließen sich an Seilen in den Festungsgraben hinunter. Erfolgreich war auch Zdeněk Vlasta, der aus dem Kommando Elbschloss (in Litoměřice) floh und sich bis Kriegsende verstecken konnte. Tragische Folgen hingegen hatte die Massenflucht aus der Zelle 38 auf dem 4. Hof. Erwin Schmidt wurde angeschossen und später als Warnung für alle auf dem 4. Hof hingerichtet. Ladislav Šimek und Rudolf Vondrášek wurden von den Aufsehern neben den Einzelzellen des 1.Hofes bestialisch erschlagen.
Aus dem Kommando Lovosice floh am 19. April 1945 das Mitglied einer kommunistischen Widerstandsgruppe Václav Steka. Er konnte sich bis zur Befreiung durch die Rote Armee versteckt halten.
Die Rote Armee stand im Zentrum Berlins, Hitler hatte seinem Leben im Bunker der Reichskanzlei ein Ende gesetzt, das Dritte Reich war dabei, unterzugehen.
Am 2. Mai kamen zwei Beamte der Gestapoleitstelle Prag in die Kleine Festung nach Theresienstadt. Auf dem 4.. Hof verlasen sie Namen von einer Liste und forderten die aufgerufenen Häftlinge auf, die Zellen zu verlassen und auf den Appellplatz zu kommen. Die Häftlinge waren unsicher. Auf der einen Seite mißtrauten sie den Gestapobeamten, auf der anderen Seite wußten sie vom bevorstehenden Ende des Krieges und viele rechneten damit, daß ihre Freilassung bevorstand. Von den Aufgerufenen meldeten sich 49 meist junge Männer, die der Widerstandsgruppe Předvoj und der illegalen KPC angehörten. Andere meldeten sich nicht, blieben in den überfüllten Zellen. Sie hatten Glück, denn die SS getraute sich nicht in die auch mit Flecktyphuskranken belegten Zellen. Die 49 jungen Männer wurden zusammen mit drei Frauen zum Hinrichtungsplatz geführt und dort von einem eilig zusammengestellten Hinrichtungskommando erschossen. Ihre Leichen wurden im Vorwerk verscharrt.
Wie sehr die SS-Offiziere der Kleinen Festung von ihrem Herrenmenschentum überzeugt waren, belegen auch ihre in den frischen Beton eines Gullys auf dem 1. Hof geritzten Namenszüge. Bennewitz, Jöckel und andere SS-Verbrecher haben sich hier verewigt. Unerträgliche Lebensbedingungen, die Grausamkeit der Aufseher und nicht zuletzt die Hinrichtungen verursachten den Tod von Hunderten von Menschen. Nicht einer der geschätzten 2.600 Todesfälle kann als natürlich bezeichnet werden.
Am 4. Mai 1945 kamen Ärzte aus Roudnice und Prag, die vom Tschechischen Nationalrat (dem obersten Organ des tschechischen Widerstandes) beauftragt worden waren, nach Theresienstadt. Als am nächsten Tag der Prager Aufstand losbrach, flüchteten die Aufseher und Wachmannschaften. Die Häftlinge übernahmen gemeinsam mit dem aus Prag eingetroffenen Sanitätspersonal das Gefängnis. Am 5. Mai traf erste Hilfe aus den umliegenden Dörfern ein. Überall in den einzelnen Objekten der Kleinen Festung wurden behelfsmäßige Lazarette eingerichtet.
Am frühen Abend des 8. Mai 1945 passierten Truppen der 1. Ukrainischen Front auf ihrem Weg nach Prag Theresienstadt. Am 11. Mai 1945 traf erstes sowjetisches Sanitätspersonal in Theresienstadt ein, das auch die notwendigen Medikamente und Ausrüstung mitbrachte. Am 14. Mai 1945 wurde über ganz Theresienstadt die Quarantäne verhängt. Die Typhusepidemie, die allein in der Kleinen Festung 1.000 Tote forderte, war erst Ende Mai endgültig besiegt.
Bis Ende Oktober 1942 wurden die meisten Häftlingsbegräbnisse von der Firma Bobak durchgeführt. Von Herbst 1942 bis Februar 1945 wurden die Toten in dem von dem Theresienstädter Ghetto errichteten Krematorium eingeäschert. Die Verbrennungen wurden Ende Februar 1945 eingestellt. Man begann, die Häftlingen in Massengräbern zu beerdigen, die im Vorwerk, in der Nähe des Hinrichtungsplatzes, ausgehoben wurden. Die Toten wurden aus den Zellen von einem Leichenkommando, das vorwiegend aus jüdischen Häftlingen bestand, in die Leichenkammer der Kleinen Festung gebracht. Hier wurden die Leichen entkleidet und ihnen unter Aufsicht des SS-Mannes Rojko die Goldzähne herausgebrochen.
Die Haftanstalt in der Kleinen Festung war eine Durchgangsstation, eine Art Untersuchungsgefängnis. Von hier aus wurden die Häftlinge in Haftanstalten, Gefängnisse, Zuchthäuser und Konzentrationslager im Protektorat oder Reichsgebiet verbracht. Etwa 17,5 Prozent der Häftlinge wurden aus dem Gestapogefängnis direkt entlassen. Hierbei handelte es sich jedoch nicht um politische Häftlinge, sondern um Gefangene, die wegen Arbeitsvergehen verurteilt worden waren. Mehr als 20 Prozent der Häftlinge wurden Nazigerichten überstellt, von denen Hunderte zum Tode verurteilt und hingerichtet wurden. 466 solcher Fälle sind namentlich festgestellt worden. Die Deportationen in Konzentrationslager (etwa 20 Prozent der Häftlinge) endeten meist in Flossenbürg, Buchenwald, Auschwitz oder Mauthausen. Die Frauen der Kleinen Festung wurden meist nach Ravensbrück deportiert. Häftlinge aus der Kleinen Festung wurden in die Gefängnisse nach Dresden, Bautzen, Zwickau, Bayreuth, Waldheim, Straubing und Berlin verbracht.
Bereits während des Krieges waren die Alliierten übereingekommen, die Kriegsverbrecher vor ein internationales Gericht zu stellen oder zur Bestrafung den Staaten zu übergeben, auf deren Hoheitsgebiet sie ihre Verbrechen begangen hatten.
Für die Verhandlungen gegen Kriegsverbrecher und ihre Helfershelfer wurden in der CSR außerordentliche Volksgerichte eingesetzt . Vor diesen Volksgerichten mußten sich so der Staatssekretär und spätere Reichsminister K.H. Frank, der Stellvertretende Reichsprotektor K. Daluege, der Kommandant des Gefängnisses Pankrác P.Soppa und andere verantworten. Viele andere entgingen der Bestrafung.
Durch das Leitmeritzer außerordentliche Volksgericht wurde der Kommandant der Kleinen Festung Heinrich Jöckel zum Tode verurteilt und hingerichtet. Jöckel, der Anfang Mai 1945 geflüchtet war, wurde von den Amerikanern zusammen mit seiner Familie in Bayern aufgegriffen und an die CSR ausgeliefert. Während der Zeit seines Prozesses, saß er in einer Dunkelzelle des 1.Hofes in der Kleinen Festung. Zum Tode verurteilt und hingerichtet wurden sein Stellvertreter W. Schmidt, die Aufseher R. Burian , A. Neubauer und der Leiter des Hinrichtungskommandos J. Lewinsky. Aufgrund von Zeugenaussagen wurde der für die Versorgung des Gefängnisses verantwortliche Aufseher T. Hohaus freigesprochen. Nie vor ein tschechisches Gericht gestellt wurde der Werkstattleiter J. Sternkopf. Der Kommandant des 1. Hofes, der als äußerst brutal gefürchtete Aufseher Rojko, wurde von Österreich nicht ausgeliefert und erst im Jahre 1963 zu lebenslanger Haft verurteilt. 1969 wurde von einem DDR-Gericht in Berlin der Aufseher Kurt Wachholz zum Tode verurteilt und hingerichtet. T. Soukup und A. Storch begingen 1945 bzw. 1947 in Haft Selbstmord. Andere wie H. Mende und Anton Malloth gingen straffrei aus, obwohl sie bereits 1948 vom außerordentlichen Volksgericht in Litoměřice wegen mehrfachen Mordes zum Tode verurteilt wurden.
Anton Malloth, von den Häftlingen als der „schöne Toni“ gefürchtet, lebt heute 86 jährig in einem Altersheim in Pullach bei München. Obwohl der bundesdeutschen Staatsanwaltschaft in den letzten zwei Jahrzehnten immer wieder fundiertes Beweismaterial und beeidigte Zeugenaussagen zur Verfügung gestellt worden sind (u.a. auch Unterlagen aus dem Prozeß gegen seinen Komplizen Wachholz in der DDR) ist es erst im Jahr 2000 zur Anklageerhebung gekommen. Der Mörder Malloth im Juni 2001 zu lebenslanger Haft verurteilt.
Im Dezember 2000 wurde vor dem Landgericht Ravensburg Anklage wegen mehrfachen Mordes gegen den zu der Zeit 82 jährigen ehemaligen SS-Untersturmführer Julius Viel erhoben. Viel wurde im April 2001 zu 12 Jahren Haft verurteilt. Viel soll als Inspektionsführer einer SS-Nachrichteneinheit sieben Häftlinge des Gestapogefängnisses Theresienstadt bei Schanzarbeiten in der Nähe von Litoměřice völlig ohne Anlaß mit einem Wehrmachtskarabiner getötet haben. Die Anklage stützt sich auf die Aussage eines ehemaligen SS-Kameraden Viels, der heute als Professor in Kanada lebt und der sich erst 1999 einem amerikanischen Journalisten anvertraute. „Wenn wir den Krieg gewinnen“, so der Kommandant der SS-Nachrichtenschule in Litoměřice zu den Vorfall, „sind wir niemanden Rechenschaft schuldig“.
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