Am 6. Mai 1945 beschloß die Regierung der Tschechoslowakei, eine Gedenkstätte des nationalen Leidens auf dem Areal der Kleinen Festung Theresienstadt zu errichten. Die feierliche Eröffnung des „Museums der Unterdrückung“ (heutiges Museum der Kleinen Festung) fand am 11. Juni 1949 statt. Seit diesem Tag gab es hier eine Ausstellung, die vom Militärhistorischen Institut gestaltet wurde, dem das Museum in fachlicher Hinsicht untergeordnet war. Noch im Jahre 1949 wurde die Gedenkstätte aus dem Verantwortungsbereich des Innenministeriums an den Kreis-Nationalausschuß (narodni vybor) in Usti (Aussig) abgegeben. Nun kam auch der Nationalfriedhof zur Gedenkstätte, der bis zu dieser Zeit unter der Obhut eines eigenen Theresienstädter Verbandes lag. Der Gedenkstätte angegliedert wurde nun auch der Jüdische Friedhof, der russische Friedhof und das Krematorium. Angegliedert wurde auch ein Teil des Egerufers, wo im Herbst 1944 die Asche von fast 22.000 Verstorbener auf Befehl der SS in den Fluß geworfen worden war. Der Eingang des unterirdischen KZs „Richard“ und das Krematorium in Litoměřice wurden erst in den sechziger Jahren angegliedert.
In den fünfziger Jahren waren Mitarbeiter und Leitung der Gedenkstätte völlig überfordert, da nicht klar war, welche Aufgaben sie erfüllen sollten und wie die Tätigkeit materiell abgesichert werden konnte. Ein großes Problem war die Einbeziehung der Gedenkstätte in das System der Regimepropaganda. Schon 1952 wurde die Absicht formuliert, eine ständige Exposition in Terezín zu schaffen, die an das Leiden des Jüdischen Volkes erinnern sollte. Für die Realisierung dieses Projektes war ein Objekt in der Stadt gefunden worden, aber schließlich wurde beschlossen, die Ausstellung als eine unter anderen in der Kleinen Festung unterzubringen. Die Erinnerung an das jüdische Ghetto war nämlich nur schwer in die geläufigen politischen Schemata der Zeit zu integrieren. Es war einfach problematisch, die komplizierte Realität des Ghettos als Ausdruck des Klassenkampfes oder als Komponente des kommunistischen Widerstands gegen den deutschen Nationalsozialismus hinzustellen. Aufgrund des außenpolitischen Zerwürfnisses mit Israel und der innerpolitischen Problematik war eine Präsentation des jüdischen Leidens während der Nazizeit unerwünscht. Der gesamte nichtkommunistische Widerstand gegen das Naziregime wurde verschwiegen. Die Inkompetenz der übergeordneten Organe führte zu einer mangelhaften technischen Ausstattung der Gedenkstätte und zu einem geringen fachlichen Niveau der Museumsarbeit.
Erst in der zweiten Hälfte der sechziger Jahre, als der Nationalausschuß des nordböhmischen Kreises die Verwaltung der Gedenkstätte übernahm, kam es zu einer positiven Wende, wohl auch, weil mutige Direktoren wie Dr. Miroslav Grisa und Miroslav Pavek die Initiative ergriffen. Jetzt wurde die Basis für eine wissenschaftliche Forschungsarbeit gelegt, Unterlagen gesammelt und katalogisiert, Dokumente gesichert. Die Bibliothek, das Archiv und das Fotolabor begannen zu arbeiten, Besuchergruppen wurde Begleitung beim Rundgang angeboten, regimefreundliche aber auch regimekritische Künstler wurden in die
Ausstellungstätigkeit einbezogen, Vorarbeiten für eine Gedenkstätte im Columbarium liefen auch dank der Mithilfe von deutschen Freiwilligen der Aktion Sühnezeichen und der Evangelischen Industriejugend an. Alle profitierten in dieser Zeit vom Prager Frühling. Es war nur natürlich, daß gerade in diesen Jahren die Forderung erneut nach einer ständigen Exposition gestellt wurde, die das Leben im Ghetto dokumentieren sollte. Die sowjetische Okkupation im August 1968 und die anschließende „Normalisierung“ begruben all diese Hoffnungen und Ansätze. Die gesamte Tätigkeit der Gedenkstätte wurde dem ideologischen Schema unterworfen, einschließlich des durch den Staat und die kommunistische Partei praktizierten maskierten Antisemitismus.
Die Gründung eines Ghettomuseums in Terezín war nicht möglich, aber die Mitarbeiter der Gedenkstätte sammelten Material über das Ghetto, entwickelten die historische Forschung und Dr. Munk, der Direktor der Gedenkstätte seit 1990 mußte 1998 anerkennend feststellen, daß die schnelle
Fertigstellung der ständigen Ausstellung im jetzigen Ghettomuseum ohne diese Vorarbeit der Gedenkstättenmitarbeiter in den siebziger und achtziger Jahren nicht möglich gewesen wäre.
Gab es durch Direktor Pavek bereits die Anregung, in der ehemaligen Tereziner Schule (dem Knabenheim) ein Ghettomuseum einzurichten, aber das Projekt scheiterte im Rahmen der „Normalisierung“. Unbequeme Personen wie Pavek wurden kaltgestellt. In der alten Schule wurde dagegen eine „Ständige Exposition der Geschichte des Korps der Nationalen Sicherheit und der revolutionären Traditionen des nordböhmischen Kreises“ eingerichtet, wohl auch deswegen, um ein Ghettomuseum formal nicht verbieten zu müssen.
Im Laufe des Jahres 1989 wurde das Gebäude geräumt, Jugendliche des >Putenhofes halfen dabei. In dem Haus waren u.a. Abhöranlagen untergebracht; die Mitglieder der Staatssicherheit hatten hier ihre Feten gefeiert.
Es entstand die Theresienstädter Initiative, eine Organisation Theresienstädter Häftlinge, die sich vehement für die Errichtung eines Ghettomuseums einsetzte.
Ungemein schwierig war es, die staatlichen Stellen von der Notwendigkeit zu überzeugen und noch schwieriger, die finanziellen Mittel aufzutreiben. Im Oktober 1991 wurde das Museum dann endlich in Anwesenheit des israelischen Präsidenten Weizmann eingeweiht. Jugendliche des >Putenhofes waren dabei.
Die Arbeit der Gedenkstätte wurde fortan von einem wissenschaftlichen Beirat begleitet, Kontakt zu Gedenkstätten in Deutschland und Polen wurde aufgenommen, neben der Forschungsarbeit die pädagogische Arbeit forciert.
Große Probleme gab es auch in der Kleinen Festung. Die Gebäude waren sanierungsbedürftig, die Kanalisation und Wasserversorgung katastrophal. Die Festungsgräben um die Festung herum wuchsen zu, die Wurzeln der Bäume zerstörten die Fundamente. Große Teile der Außenanlagen waren bereits zerstört. Freiwillige des Kinder- und Jugendheimes >Putenhof haben in den letzten 14 Jahren die Bäume in diesen Gräben gefällt, Teile der Gräben sind gesäubert und mit Dränagegräben versehen worden.
In den neunziger Jahren ist im Garten des Ghettomuseums der „Park der Theresienstädter Kinder“ eingeweiht worden, eine Ausstellung auf dem Vierten Hof über die Zeit der Kleinen Festung zwischen 1945 und 1947 (Internierungslager für Deutsche) folgte. 1997 wurde in der Magdeburger Kaserne, die von der Armee geräumt und dem Kultusministerium übergeben wurde, eine Internationale Begegnungsstätte eingerichtet, in der Besuchergruppen Unterkunft finden, Seminare mit Jugendlichen aber auch Lehrern abgehalten werden. In der ersten Etage finden sich Ausstellungen über „Musik im Ghetto“,„Bildende Kunst im Ghetto“, „Literatur im Ghetto“, „Theater im Ghetto“. Auf dem Dachboden ist ein Theater. 2001 wurde das Columbarium als Gedenkstätte eröffnet, die 10 Jahre alte ständige Ausstellung im Ghettomuseum durch eine neue ersetzt. Eine große Anzahl von Veröffentlichungen hat es inzwischen gegeben, die das Leben im Ghetto dokumentieren, international sind viele Kontakte entstanden.
Die Augustflut des Jahres 2002 zerstörte einen Großteil der Einrichtungen und Ausstellungen. Bis zum Sommer des Jahres 2004 war alles wieder repariert (bis auf das Krematorium). Ungeheures wurde von den Mitarbeitern der Gedenkstätte geleistet. Die Jugendlichen >des Putenhofes haben Ostern 2003 Geld gesammelt und 3.000 Rosen auf dem zerstörten Nationalfriedhof gepflanzt.
In der Gedenkstätte arbeiten heute fast 100 Menschen, darunter viele Rentner, die sich als Betreuer der vielen Ausstellungen ein Zubrot erarbeiten. Das Restaurant, die Kioske am Parkplatz und der Parkplatz selbst sind privatisiert worden.
Die Besucherzahlen sind in den letzten Jahren (mit Ausnahme des Flutjahres) stetig gestiegen, Theresienstadt international bekannt geworden.
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