Ghetto und Gestapogefängnis hatten von der Verwaltung und Organisation her nichts miteinander zu tun. Das Gefängnis in der Kleinen Festung unterstand der Gestapoleitstelle Prag und beherbergte vor allem politische Gefangene. Das Ghetto unterstand dem Reichssicherheitshauptamt (RSHA) in Berlin. Dennoch gab es auch jüdische Häftlinge in der Kleinen Festung. Ghettoinsassen wurden schon bei kleineren Vergehen in Absprache zwischen den Kommandanten aus dem Ghetto in die > Kleine Festung überstellt (wie Leo Haas, Fritta und andere aus der Malergruppe). Kleine Festung bedeutete in der Regel Tod oder die Deportation nach Osten. Die jüdischen Gefangenen lebten in großer Enge in einer Zelle des I. Hofes, nebenan befanden sich die Zellen der sowjetischen Kriegsgefangenen. Den jüdischen Häftlingen und den sowjetischen Kriegsgefangenen ging es in der Kleinen Festung am schlechtesten. Sie wurden besonders von den Aufsehern schikaniert, misshandelt, geprügelt, totgeschlagen. Von den ca. 1.500 jüdischen Gefangenen, die die Kleine Festung zwischen 1940 und 1945 durchliefen, kamen etwa 500 hier ums Leben.
