Ende 1938 schrieb Krása sein bekanntestes und heute am häufigsten aufgeführtes Stück, die Kinderoper „Brundibár“ im Stil des von Brecht entwickelten „Lehrstückes“. Das Lernen beschränkt sich nicht auf die handelnden Figuren oder auf die Zuschauer, lernen sollen vor allem die Spielenden selbst. Die Oper war als anonymer Beitrag zu einem von dem Ministerium für Schulwesen ausgeschriebenen Wettbewerb eingereicht worden. „Brundibár" zielt auf die Solidarität der Gemeinschaft mit dem Einzelnen.
Auf die Bewährungsprobe für seine Oper „Brundibár“ mußte Krása fünf Jahre warten und sie vollzog sich dann unter völlig veränderten Bedingungen. Zur Auswertung des Wettbewerbes kam es aufgrund des deutschen Einmarsches im März 1939 nicht mehr. Krása durfte fortan nicht mehr öffentlich wirksam sein.
Krása wurde am 10. August 1942 nach Theresienstadt deportiert. Hier engagierte er sich an vorderster Stelle in der Organisation des kulturellen Lebens. Er wurde Leiter der Musiksektion der „Freizeitgestaltung“ und komponierte einen Liederzyklus nach Rimbaud und Werke für Orchester. Daß seine Oper „Brundibár“ inzwischen im Prager Jüdischen Waisenhaus mit bescheidenen Mitteln von Rudolf Freudenfeld aufgeführt worden war, konnte er nicht wissen.
Im Juli 1943 kam dann Freudenfeld nach Theresienstadt. Er übergab Krása den durch die Kontrolle geschmuggelten Klavierauszug. Dann kamen mit einem Transport Kinder des Jüdischen Waisenhauses Prag nach Theresienstadt, von denen viele ihre Partien schon aus der Prager Einstudierung kannten. Als man auch noch auf die Dekoration der Prager Aufführung zurückgreifen konnte, waren alle Bedingungen für eine Aufführung im Lager gegeben. Aufgrund des nun vorliegenden Klavierauszuges schuf Krása eine kammermusikalische Neuinstrumentation, in deren instrumentalen Anforderungen er dem hohen Niveau der mit ihm inhaftierten Theresienstädter Musiker vertrauen konnte. Die erste der über 50 Aufführungen fand am 23. August 1943 auf dem Dachboden der Magdeburger Kaserne statt.
Nachdem „Brundibár“ in Theresienstadt zweimal für Propagandazwecke herhalten musste – in einer angeordneten Aufführung anlässlich der Inspektion des Lagers durch eine Kommission des Internationalen Roten Kreuzes (23. Juni 1944) und im August bei Aufnahmen zu dem allerdings nie vollendeten und seiner Bestimmung zugeführten Propagandastreifen „Theresienstadt - ein Dokumentarfilm aus dem jüdischen Siedlungsgebiet“, hatte der Komponist für die Machthaber seinen Zweck erfüllt. Das für etwa 2½ Jahre gewährte Kulturleben in Theresienstadt kam mit dem Beginn der Herbsttransporte nach Auschwitz (28. September 1944) praktisch zum Erliegen: dem 1.000 Personen umfassenden Transport am 16. Oktober 1944 fielen neben Krása auch die Komponisten Haas, Klein und Ullmann zum Opfer.
Dagmar Lieblová nahm an den „Brundibár“–Aufführungen teil und erzählt, welche große Bedeutung die Aufführungen der Oper für sie gehabt hat.
