Der Führererlaß vom 16. März 1938 verbürgte dem Protektorat zwar Autonomie und Selbständigkeit, jedoch durfte keine Entscheidung den Reichsinteressen entgegenlaufen.
Das Protektorat hatte nur formell eine autonome Stellung mit eigenen Organen und eigener Verwaltung. An der Spitze stand mit Dr. Emil Hacha der sogenannte Staatspräsident. Die mehrfach bis 1945 wechselnden Regierungen wurden immer mehr zu einem Machtinstrument der deutschen Okkupanten.
Neben den Protektoratsbehörden wurde ein paralleles System von deutschen politischen, Verwaltungs-, Gerichts- und Polizeiinstitutionen eingerichtet, die alle Gebiete des Lebens kontrollierten.
Zum direkten Vertreter Adolf Hitlers und Bevollmächtigten der Reichsregierung wurde ein Reichsprotektor ernannt. Dieses Amt bekleidete zunächst Konstantin von Neurath, dann Reinhard Heydrich und Kurt Daluege (beide als stellvertretende Reichsprotektoren) und Wilhelm Frick.
Zu einer Schlüsselfigur, in dessen Händen sich die Macht konzentrierte, entwickelte sich jedoch der Sudetendeutsche > Karl Hermann Frank, der zunächst die Funktion eines Staatssekretärs innehatte und dann im August 1943 zum deutschen Staatsminister für Böhmen und Mähren ernannt wurde.
Die Protektoratsverwaltung wurde über die sogenannten Landräte organisiert und kontrolliert, auf Protektoratsgebiet waren mit SD und Gestapo alle deutschen Polizeiorgane tätig. Deren Zielgruppe waren alle Gegner der „neuen Ordnung“ aus den Reihen der tschechischen und deutschen Bevölkerung. Für viele Emigranten bedeutete das die sofortige Flucht.
Bald nach Gründung des Protektorats traten auch hier die Nürnberger Rassengesetze in Kraft. Über die sogenannte „Arisierung“ brachten Deutsche jüdischen Besitz in ihre Hände. Die Anordnung des Reichsprotektors vom 21. Juni 1939 über jüdisches Eigentum ermöglichte es, auch Betriebe mit einem minimalen jüdischen Anteil, oder unter „jüdischem Einfluß“ stehende Betriebe, zu „arisieren“. Die Entscheidung darüber lag völlig in der Hand der Okkupationsverwaltung und die enteigneten Betriebe wurden vollständig in deutsche Hände übergeben. Im Oktober 1941 begannen vom Protektoratsgebiet aus die Transporte in die Vernichtungslager des Ostens.
Während des Krieges benötigten die deutschen Aggressoren das Protektorat vor allem als ruhiges Hinterland, das seine Aufgaben in der Rüstungsproduktion zuverlässig erfüllte. Die ganze Protektoratswirtschaft wurde deutscher Oberaufsicht und deutschen Kriegszielen unterworfen. Deutsche Konzerne drangen über Kapitalbeteiligungen in lukrative tschechische Unternehmen ein. Das wurde ihnen durch den Zwangskurs der Krone zur Reichsmark im Verhältnis 10 zu 1 und durch die Zollunion mit dem Reich erleichtert.
In vielen Äußerungen und Briefen Franks und Heydrichs wurde jedoch auch deutlich, daß die deutschen Faschisten eine Germanisierung Böhmens und Mährens planten. Dem Besiedlungsplan von 1943 nach wurde vorausgesetzt, daß von den 7.485.000 Tschechen 3.625.000 germanisierungsfähig sind. Es war geplant, 1.415.000 deutsche Siedler im Protektorat anzusiedeln. Mittels sogenannter mit deutschen Siedlern besetzten Nationalitätenbrücken (siehe Karte), wollte man die tschechischen Lebensräume spalten und isolieren.
Ihren Unwillen über die Politik der deutschen Okkupanten gab die tschechische Bevölkerung durch die ostentative Beteiligung an verschiedenen Demonstrationen kund. Eine klare politische Dimension hatte die am 28. Oktober 1939 stattgefundene Demonstration in Gedenken an die Gründung der Tschechoslowakei, wobei der Medizinstudent Jan Opletal von einem deutschen Polizisten erschossen wurde. Am 17. November 1939 wurden alle tschechischen Hochschulen geschlossen, viele Studenten in Konzentrationslager verschleppt und neun führende junge Leute aus der Studentenbewegung erschossen.
Organisierter Widerstand gegen die deutschen Okkupanten formierte sich schon 1939. Offiziere der tschechoslowakischen Armee arbeiteten in der „Obrana Národa“ (Verteidigung der Nation) zusammen, Persönlichkeiten der kulturellen Szene verbanden sich zum Petitionsausschuß „ Verni zustaneme“. Im Frühjahr 1940 verbanden sich beide Gruppierungen zur UVOD. Ungeachtet aller Verluste, die ihm der NS-Sicherheitsapparat beigebracht hat, kam der tschechische Widerstand zu beachtlichen Erfolgen vor allem in der nachrichtendienstlichen Tätigkeit. Der kommunistische Widerstand gewann erst nach dem Überfall Hitlers auf die Sowjetunion im Juni 1941 eine klare Orientierung, ging aber auch dann eigene Wege.
Währenddessen formierte sich im britischen Exil eine Gruppe um den früheren Ministerpräsidenten Edvard Beneš, die mit der Bildung eines tschechoslowakischen Nationalausschußes am 9. Juni 1941 so etwas wie eine provisorische Regierung bildete. Am 18. Juli wurde diese als solche von den Regierungen Großbritanniens und der UdSSR anerkannt. Die USA folgten am 30. Juli gleichen Jahres.
Nach Polen geflüchtete Offiziere und Soldaten bildeten eine aus Tschechen und Slowaken bestehende Legion, die gegen die Wehrmacht eingesetzt wurde. Nach der Niederwerfung Polens wurden die Mitglieder dieser Legion unter ihrem Befehlshaber Ludvik Svoboda in der Sowjetunion interniert, neu aufgestellt und in Sokolowo erstmals auf Seiten der Roten Armee eingesetzt.
Tschechoslowakische Infanterieregimenter kämpften in Frankreich und in Tobruk. Tschechoslowakische Luftwaffenangehörige nahmen auf britischer Seite an der Luftschlacht um England teil. Die Teilnahme an den Kämpfen gegen Hitlerdeutschland stärkte die Position der Exilregierung erheblich.
Durch Kooperation zwischen UVOD und der im Untergrund arbeitenden Führung der KPTsch kam es im Sommer 1941 zu einem merklichen Anstieg des einheimischen Widerstandes. Streiks und Sabotageaktionen nahmen zu. Dies war einer der Gründe dafür, daß am 27. September 1941 der bisherige Reichsprotektor Konstantin von Neurath durch den gefürchteten Chef des Reichssicherheitshauptamtes, den General der Polizei und SS-Führer Reinhard Heydrich, abgelöst wurde. Hauptaufgabe Heydrichs war die Sicherung der für das Reich außerordentlich wichtigen Kriegsproduktion.
Heydrich ordnete augenblicklich die Verhängung des Standrechts für das Protektorat an, startete einen umfassenden Angriff auf alle Untergrundorganisationen und verhaftete den Vorsitzenden der Protektoratsregierung General Alois Elisas. Nach dem Grundsatz von Zuckerbrot und Peitsche führte er soziale Verbesserungen ein, von denen vor allem die Arbeiterschaft profitieren sollte.
Am 27. Mai 1942 führten die von der Londoner Exilregierung beauftragten Fallschirmspringer Jan Kubiš und Jozef Gabčik ein Attentat auf Heydrich durch, an dessen Folgen er wenige Tage später starb.
Die NS-Maschinerie reagierte auf den Tod Heydrichs mit der Ausrufung des 2. Standrechtes und blindwütigem Terror. Abertausende wurden verhaftet, 1.412 Todesurteile von Standgerichten verhängt, die Ortschaften Lidice (10. Juni) und Ležáky (24. Juni) liquidiert. Die nach dem Attentat einsetzende Verfolgungswelle brach die Kraft des einheimischen Widerstandes, der erst gegen Kriegsende in seiner ursprünglichen Stärke wiederaufleben sollte.
Nach Heydrichs Tod übernahm K. H. Frank die Verantwortung für die repressive Politik der deutschen Besatzungsmacht.
Ziel seiner Politik war es, den Widerstand einzuschüchtern und die Ruhe im Protektorat zu erhalten, Streiks und Arbeitsniederlegungen zu verhindern und die Produktion von Kriegsgütern zu sichern. Zu Franks Vollmachten gehörte auch die Anordnung von Todesurteilen ohne Gerichtsverhandlung.
