Für alle männlichen Häftlinge bestand Arbeitspflicht. In den Jahren 1940 – 41 wurden sie vor allem zu Arbeiten innerhalb des Gefängnisses herangezogen, später dann wurden Außenkommandos gebildet, die in der Landwirtschaft, in der Industrie und im Verkehrswesen eingesetzt wurden.
Das 1943 aus etwa 200 Häftlingen bestehende Baukommando wurde vom Aufseher Soukup geleitet, der die Häftlinge bei der Arbeit systematisch quälte. Sein erster Bau war im Jahre 1942 die Errichtung des Schwimmbeckens. Eine weitere Arbeitsgruppe wurde als Storchenkommando bezeichnet, weil sie von Aufseher Storch kommandiert wurde. Dieses Kommando wurde hauptsächlich in der Landwirtschaft aber auch bei Erdarbeiten u.a. beim Bau des IV. Hofes eingesetzt. Storch quälte und erschlug vor allem jüdische Häftlinge mit Unterstützung einiger Kapos. Einige Häftlinge arbeiteten in der Häftlingsküche.
Im Jahre 1941 ordnete die Prager Gestapo den Einsatz der Theresienstädter Häftlinge außerhalb des Gefängnisses an. 55 Pfennig sollten die Arbeitgeber für eine Stunde Häftlingsarbeit bezahlen. In den Jahren 1941–42 bereiteten 30–40 Häftlinge die Kellerräume der ehemaligen Elbschlossbrauerei für eine kriegswichtige Produktion vor. Ab 1944 beteiligte sich ein anderes Kommando an der Herstellung von Flugzeugpropellern in dem neueingerichteten Betrieb der Albis-Werke.
Über 300 Häftlinge arbeiteten im Kommando Reichsbahn, das für die Instandhaltung der Bahnstrecke verantwortlich war und Waggons be- und entlud. Weitere Arbeitsgruppen fuhren in die Schlichtfabrik nach Usti (Aussig) oder arbeiteten bei der Firma Sputh in Lovosice (Lobositz), im Benzinlager Hnevice und in den Ziegelfabriken der Umgebung.
Beim Bau von Befestigungen und Panzergräben zwischen Theresienstadt und Litoměřice (Leitmeritz) wurden gegen Ende des Krieges Hunderte von Gefangenen aus der Kleinen Festung eingesetzt. Die Wachmannschaften, gestellt von der Nachrichtenschule der Waffen-SS in Litoměřice, behandelten die Häftlinge brutal, erschlugen oder erschossen sie, die knietief im Grundwasser arbeitend, nicht mehr weiter arbeiten konnten (> Lallier, Adelbert und Viel, Julius).
Häftlinge in Theresienstadt arbeiteten in den Jahren 1943 und 1944 in den Eisenhütten Kladnos und wurden beim Bau des Kladnoer Stadions und Gestapogefängnisses eingesetzt. Ein Arbeitskommando, vorwiegend aus jüdischen Häftlingen bestehend, wurde in Trutnow (Trautenau) bei Waldarbeiten eingesetzt. Weitere Arbeitskommandos wurden gegen Ende des Krieges zu Befestigungsarbeiten in der Nähe von Hradec Králové (Königsgraetz) gezwungen.
Zwischen 300 und 1.000 Häftlingen des Gestapogefängnisses Kleine Festung wurden regelmäßig dem Kommando „Richard“ zugeteilt, einer unterirdischen Fabrik unter dem Berg Radobýl in der Nähe von Litoměřice, in der im Auftrag deutscher Firmen kriegswichtiges Material hergestellt werden sollte. Sie mussten die Stollen vorantreiben und den herausgesprengten Kalkstein aus den unterirdischen Produktionshallen wegschaffen. Die Häftlinge bauten Verkehrswege, verlegten Gleise, errichteten einen Umschlagplatz, ein Wasserwerk, Büros und Lagerräume. Die Arbeit war schwer und gefährlich und das Kommando gefürchtet.
Es waren vor allem russische Kriegesgefangene aus dem I. Hof und Gefangene des IV. Hofes, die für dieses Kommando, das viele Tote zu beklagen hatte, abgestellt wurden. Heute befindet sich in den Stollen und Hallen der „Grube Richard“ ein Lager für radioaktiven Abfall.