Im Herbst 1944 begann die SS damit, Beweise für ihre Verbrechen zu vernichten. Im November 1944 wurden auf Befehl der SS mehr als 22.000 Urnen mit der Asche der Opfer in die Eger geschüttet. Am 8. Dezember 1944 wurde befohlen, alle amtlichen Unterlagen und Aufzeichnungen in Zusammenhang mit Transporten und alle Matritzen der SS auszuliefern. Die Geschichte des Lagers sollte vertuscht werden. In den Folgemonaten wurde alles erreichbare Material beschlagnahmt und verbrannt. Viele Dokumente wurden vernichtet, die die Lagergeschichte hätten klären können. Nur ein unscheinbarer Rest der vielen Tonnen Papier konnten zufällig oder illegal gerettet werden.
Am 17. April 1945 wurden die umfangreichen Bestände des Reichssicherheitshauptamtes aus E I in hohen Stößen angezündet. Die Stadt war in eine Rauchwolke gehüllt und mit Papierasche bedeckt. Am 28. März 1945 wurden aus Angst vor „Greueldokumenten“ sämtliche in Theresienstadt entstandenen Bilder kontrolliert. Soweit dies noch nicht in der Maleraffäre im Juli 1944 geschehen war, versteckten die Künstler ihre Werke. / (.*/1011)"> 1011)/ (.*/ /.* /