Die Gründe für die Verhaftung der im Gestapogefängnis Kleine Festung eingekerkerten Häftlinge waren vielfältig. Ein großer Teil der Häftlinge gehörte Widerstandsgruppen an, hatte sich an Widerstandsaktionen irgendeiner Art beteiligt oder wurde dessen verdächtigt. Schriftsteller, Journalisten, Priester, Künstler und Ärzte waren ebenso unter den Häftlingen zu finden wie Arbeiter, Angestellte und Hausfrauen. Vielfach genügte das Abhören feindlicher Sender, ein Witz über Nazigrößen oder die Hilfeleistung für einen von den Nazis verfolgten Menschen, um von der Gestapo verhaftet zu werden, ja, manchmal reichte es aus, mit einem Nazigegner verwandt, versippt zu sein. Die Übertretung antijüdischer Anordnungen und Vorschriften war ebenso ein Haftgrund wie Sabotage oder Arbeitsvergehen.
Im Gestapogefängnis waren Schüler zu finden, die gegen die Schließung der Hochschulen protestiert hatten - z. B. die Schüler aus Roudnice -, Pfarrer, die ihrer Gemeinde gegenüber ein offenes Wort gegen die Verfolgung der Juden fanden. Es gab Häftlinge, die aufgrund von Eigentumsdelikten oder anderen kriminellen Taten in das Gestapogefängnis eingewiesen wurden, sie blieben jedoch in der Minderheit und hatten am ehesten die Chance, irgendwann auch wieder entlassen zu werden.
Unter den Häftlingen waren viele Angehörige von Widerstandsorganisationen, Angehörige der früheren tschechoslowakischen Armee, der bürgerlichen Opposition und der KP, etwa 140 Funktionäre des im Herbst 1941 liquidierten Turnvereins Sokol, die in Theresienstadt eingesperrt und wenig später nach Auschwitz deportiert wurden. Nach dem Attentat auf Heydrich wurden hunderte von Personen eingeliefert, 252 von ihnen nach Mauthausen deportiert und dort ermordet. Von Beginn an verfolgten die Nazis die Absicht, die Intelligenz zu unterdrücken, weil sie in ihr eine potentielle Quelle des Widerstandes sahen. Allein aus diesem Grunde waren viele Persönlichkeiten des kulturellen, wissenschaftlichen und gesellschaftlichen Lebens im Gestapogefängnis inhaftiert worden.
Gefangengehalten wurden in der Kleinen Festung auch Juden (1.500), die z.T. aus dem Ghetto wegen dortigen "Fehlverhaltens" dorthin überführt wurden und sowjetische und britische Kriegsgefangene. Etwa 2.500 Gefangene fremder Staaten: Briten, Sowjetbürger, Franzosen, Deutsche waren im Gestapogefängnis in Haft.<#špatný link#>[nbsp]
