Etwa 2.500 Gefangene sind zwischen 1940 und 1945 im Gestapogefängnis der Kleinen Festung ums Leben gekommen. Zwischen 250 (belegt) und 300 sind hingerichtet bzw. erschlagen worden.
Historiker gehen davon aus, daß kaum einer dieser Todesfälle im Gestapogefängnis als natürlich zu bezeichnen ist.
Bis Oktober 1942 wurden die meisten Häftlingsbegräbnisse von der Firma Bobak durchgeführt. Dann nahm das Krematorium am Jüdischen Friedhof in Theresienstadt seine Arbeit auf. Die Toten oder Hingerichteten wurden von einem vorwiegend aus jüdischen Häftlingen bestehenden Leichenkommando in die Leichenkammer der Kleinen Festung gebracht, die hinter der Schleusenbrücke und unter der Gärtnerei lag. Hier mußten die Leichen entkleidet und durchsucht werden. Unter Aufsicht des SS-Mannes Rojko wurden ihnen die Goldzähne entfernt.
Nachts wurden die Leichen dann zum Krematorium gebracht und verbrannt. Bei der Verbrennung waren oftmals (wie bei den Bialystoker Kindern) Aufseher der Kleinen Festung anwesend. Da die Verbrennungen im Februar 1945 eingestellt wurden, wurden die Leichen in Folge in Massengräbern verscharrt, unter anderem im Vorwerk der Kleinen Festung (wie die Opfer der Hinrichtung am 2. Mai 1945).
