Zwischen 1940 und 1945 passierten etwa 32.000 Personen (27.000 Männer und 5.000 Frauen) das =>Gestapogefängnis =>Kleine Festung Theresienstadt. Sie wurden hier inhaftiert oder später in andere KZs, Zuchthäuser und Gefängnisse deportiert. Während die durchschnittliche Anzahl der Häftlinge im Jahr 1940 bei 150 lag, wuchs sie auf 600 im Jahr 1941 und 1.200 im Jahr 1942. 1943 und 1944 waren es durchschnittlich 2.000 Häftlinge. In den letzten Kriegsmonaten war das =>Gefängnis überfüllt und erreichte mit 5.500 Häftlingen einen Höchststand. Im Laufe der Jahre passierten etwa 1.500 Juden das Gefängnis.
2.500 Insassen des =>Gefängnisses kamen ums Leben, wurden ermordet, starben an Mangelkrankheiten, fehlender medizinischer Hilfe, an Unterernährung und am =>Flecktyphus.
Der häufigste Haftgrund war Widerstand gegen die deutschen Besatzer: 50% der Gefangenen hatten im organisierten Widerstand gearbeitet, 12% individuell Widerstand geleistet. 7% der Häftlinge saßen ein wegen Unterstützung verfolgter Bürger, 6% hatten "antijüdische Vorschriften und Anordnungen übertreten".
Unter den ersten Gefangenen waren Repräsentanten und Mitarbeiter beider Hauptströmungen des Widerstandes - der bürgerlich-demokratischen und der kommunistischen.
Das =>Gestapogefängnis der =>Kleinen Festung war ein Untersuchungsgefängnis. Menschen, die von der Gestapo aus den verschiedensten Gründen verhaftet worden waren, wurden in diesem =>Gefängnis bis zum Urteil eines Gerichts (wenn es dies überhaupt gab) gefangen gehalten, dann, je nach Strafmaß, auf andere Gefängnisse, Zuchthäuser oder KZs verteilt. Die aus dem Ghetto in die =>Kleine Festung überstellten Juden trugen auf ihren Begleitpapieren meist den Eintrag R U (Rückkehr unerwünscht) oder S B (Sonderbehandlung). Sie kamen in der =>Kleinen Festung ums Leben oder wurden nach Auschwitz =>deportiert.

Etwa 17,5 Prozent der Häftlinge wurden aus dem =>Gestapogefängnis direkt entlassen. Dabei handelte es sich vorwiegend um Wirtschaftskriminelle, z. B. um Personen, die wegen Arbeitsvergehen verurteilt wurden. Mehr als 20 Prozent der Häftlinge wurden Nazigerichten überstellt, viele von ihnen zum Tode verurteilt und hingerichtet. 466 dieser Fälle sind namentlich bekannt. Etwa 20 Prozent wurden in andere KZs überstellt, nach =>Flossenbürg, Buchenwald, =>Mauthausen, Auschwitz, Frauen vorzugsweise nach =>Ravensbrück. Häftlinge aus der =>Kleinen Festung wurden ebenfalls in die Gefängnisse und Zuchthäuser nach Dresden, Bautzen, Zwickau, Waldhain, Brandenburg, Bayreuth, Hamburg, und Berlin überstellt. Quelle: 135)