Thadden war seit April 1943 bis Kriegsende Legationsrat im „Inland II“ des Auswärtigen Amtes und hatte sich mit der Judenfrage zu befassen. Er nahm die Interventionen ausländischer Diplomaten für ausländische Juden entgegen und beantwortete sie, nachdem er mit Eichmann Rücksprache genommen hat. Thadden verniedlichte bei Verhören am 13. März und 11. Juni 1946 seine Rolle, mit Eichmann will er höchstens sechsmal pro Jahr zusammen getroffen sein, lieber hätte er mit dessen Vertreter Rolf Günther verhandelt, der verläßlicher gewesen wäre. Eichmann hätte ihm die Vernichtungslager als normale KZs und Arbeitslager hingestellt und Bergen-Belsen als Vorzugslager bezeichnet. Theresienstadt wurde Thadden von Eichmann „als Beispiel eines Judenlagers“ vorgestellt. Thadden war dreimal in Theresienstadt: im Sommer 1943 mit einer Delegation des deutschen Roten Kreuzes, im Juni 1944 mit dem Vertreter des Internationalen Roten Kreuzes (IRK) Rossel und den dänischen Rote-Kreuz-Vertretern und am 6. April 1945 mit Lehner vom IRK.
