Der schlechte Gesundheitszustand wurde durch die mangelnde Ernährung, die kalte Feuchtigkeit und durch die hygienischen Bedingungen in den überfüllten Zellen stark gefördert.
Die Häftlinge bekamen bei ihrer Ankunft ausgemusterte Uniformen der tschechischen Armee. Ihre Wäsche durften sie anfangs behalten und in Abständen zum Waschen nach Hause schicken. Im Februar 1945 wurde diese Tauschwäsche jedoch beschlagnahmt. Die Zellen wurden ungenügend beheizt. Dünne Decken schützten nicht vor Kälte. In den Zellen vermehrten sich Läuse und Flöhe ungehindert. Die Entlausung der Häftlinge und ihrer Kleidung verlief unregelmäßig, was 1945 zur Verbreitung tödlicher Epidemien führte.
Die Gesundheitspflege war Sache des Polizeiarztes, dessen Kompetenzen von der Leitung stark eingeengt wurden. Anfangs gab es für diese nicht einmal eine Krankenstube. Diese wurde erst Ende August 1940 auf Anregung zweier Häftlingsärzte von Jöckel genehmigt und später durch zwei weitere Zellen ergänzt. Die Ausstattung dieses Krankenreviers mit medizinischen Geräten und Medikamenten war jedoch äußerst mangelhaft. Im November 1944, nach Ausbruch der Dysenterie-Epidemie (Durchfallerkrankung), wurde neben der Gärtnerei ein Krankenrevier eingerichtet, das später Seuchenstation wurde.
Trotz mangelhafter Ausstattung führten die selbst als Häftlinge im Gefängnis einsitzenden Ärzte eine Reihe von anspruchsvollen Eingriffen durch wie z. B. Blinddarmoperationen, Beinamputationen und Bluttransfusionen. Kleinere Eingriffe führten sie direkt in den Zellen durch, die sie regelmäßig besuchen durften. Dabei mußten die Medikamente von den Häftlingen selbst bezahlt werden. Oberst Svoboda, ein Überlebender, der in den sechziger Jahren junge Deutsche bei der Friedensarbeit in Theresienstadt betreute, berichtete, daß die Häftlinge solidarisch zusammenlegten, um die Medikamente bezahlen zu können.
Krankenhauseinweisungen bei sehr schweren Erkrankungen wurden nur sehr selten genehmigt.
