Die Einzel- und Dunkelzellen sind auf dem I. Hof des Gestapogefängnisses im äußeren Wall untergebracht. Es handelt sich auf der linken Seite um Zellen ohne natürliche Lichtquelle, auf der rechten Seite um Zellen, die eine kleine runde Lichtquelle haben, die jedoch durch einen Schieber mit einem Handgriff verschlossen werden kann. In diese kalten und feuchten Zellen hinein wurden zur Strafverschärfung Häftlinge gesteckt, oftmals nackt, ohne Bekleidung und Decken, oftmals weiterhin bestraft durch völligen oder teilweisen Nahrungsentzug. Es waren oft jüdische Häftlinge, die – aus dem Ghetto überstellt – hier eingeliefert wurden.
In der ersten Zelle links saß Gawrilo Prinzip unter verschärften Haftbedingungen ein, einer der Attentäter von Sarajewo. Er starb 1919 in Theresienstadt
