Beneš wurde als Sohn eines Bauern in Kozlany geboren. Nach dem Studium wurde er Dozent an der Handelsakademie und an der Technischen Hochschule in Prag. Seit 1915 arbeitete Beneš bei Tomáš Masaryk im Exil. Er leitete die Delegation seines Landes bei der Pariser Friedenskonferenz von 1919 und wurde Außenminister der unabhängigen Tschechoslowakei, 1921/22 zugleich Ministerpräsident. Beneš verfolgte eine Gleichgewichtspolitik in Osteuropa. Er handelte Verträge mit Jugoslawien und Rumänien aus (Kleine Entente) und lehnte sich an Frankreich und seit dem Vertrag von 1935 auch an die Sowjetunion an. Nach dem Rücktritt von Präsident Masaryk wurde Beneš zu seinem Nachfolger gewählt. Während der Sudetenkrise im September 1938 musste Beneš vor Hitlers Ultimatum kapitulieren und das Sudetenland an Deutschland abtreten. Er trat am 5. Oktober jenes Jahres zurück und ging ins Exil. Nach dem Beginn des Zweiten Weltkrieges gründete er in Frankreich ein Tschechoslowakisches Nationalkomitee, das 1940 nach London verlegt wurde. Am 21. Juli 1941 wurde Beneš Präsident der tschechoslowakischen Exilregierung.
Beneš nahm eine unklare Haltung zu jüdischen Problemen ein, so zum Antisemitismus in der Exilarmee oder zur Frage einer jüdischen Vertretung im Staatsrat. Besondere Verunsicherung löste seine Ankündigung aus, nach dem Krieg einen national möglichst homogenen Staat anzustreben. Während der Deportationen aus der Slowakei 1942 versuchte Beneš jedoch, via Vatikan auf die slowakische Regierung mäßigend einzuwirken. Im Herbst 1942 wurde Beneš vom Londoner Büro des „World Jewish Congress“ aufgefordert, die Informationen über den Vernichtungsplan der Deutschen zu bestätigen, die Genf im August 1942 erreicht hatten (Riegner-Telegramm). Obwohl der tschechische Geheimdienst gut informiert war, behauptete Beneš in seiner späteren Antwort: „Es scheint keine klaren Hinweise darauf zu geben, daß die Deutschen die Vernichtung der Juden vorbereiten....obwohl unzählige Juden hart verfolgt werden und unter Hunger leiden.“ Erst nach weiteren Nachrichten verurteilte die Exilregierung den Mord an den Juden im Dezember 1942.
Während der Kriegsjahre unterhielt Beneš enge Beziehungen zu den jüdischen Führern und unterstützte jüdische nationale Bestrebungen in Palästina und den Kampf um einen jüdischen Staat.
Als Leiter der einzigen osteuropäischen Regierung, die nach dem Krieg zurückkehren durfte, bildete Beneš im April 1945 in der Tschechoslowakei sein Kabinett. Das Land wurde wieder vereinigt. Die Juden verloren ihren Status als anerkannte Minderheit und mussten sich selbst zu Tschechen oder Slowaken erklären. Im Februar 1948 gab Beneš dem kommunistischen Druck nach, indem er eine von den Kommunisten dominierte Regierung akzeptierte. Er weigerte sich jedoch, die neue Verfassung zu unterzeichnen. Wegen seines Gesundheitszustandes trat er am 7. Juni 1948 zurück und starb im September des gleichen Jahres.
