Die SS-Kaserne in der Kleinen Festung liegt dem Herrenhaus gegenüber.
Hier war die etwa 120 Mann starke Wachmannschaft untergebracht.
Die Wachmannschaften wurden in der Anfangszeit aus Gestapoangestellten und Mitgliedern der Schutzpolizei (Schupo) gebildet. Im Frühjahr 1941 übernahmen Mitglieder der SS die Aufsichtsfunktion. Zur Bewachung der Kleinen Festung war die 1. Kompanie des Wachbataillons Böhmen und Mähren eingesetzt. Im April 1942 wurde sie durch die 2. Kompanie des SS-Wachbataillons Prag ersetzt. Gegen Kriegsende wurden einige SS-Leute durch Feldgendarmen aus dem Banat ersetzt. Die Wachmannschaft war deswegen so stark, weil sie im Notfall auch gegen die jüdische Bevölkerung des Ghettos eingesetzt werden sollte.
Das Gebäude der SS-Kaserne ist heute ein Museum, in dem die Vorgeschichte der Okkupation gezeigt, über das Münchner Abkommen, die Verfolgung politisch Andersdenkender usw. berichtet wird. Hier wird an die Qual der Häftlinge erinnert, an die vielen politischen Gefangenen, die in der Kleinen Festung hingerichtet wurden, hier wird über die Behandlung der Kriegsverbrecher berichtet.
In der zweiten Etage sind Kunstwerke von Malern zu sehen, die das Geschehen in der Kleinen Festung und im Ghetto mit dem Pinsel festgehalten haben. Unter anderem hängt hier auch das Bild von „Leichenwagen“ der Helga Weissová-Hosková.
Im Dachgeschoss befindet sich die Asservatenabteilung mit vielen Originaldokumenten, Zeichnungen von Leo Haas usw. und die Karteien mit den Namen der Opfer und der Täter.
Während des Augusthochwassers 2002 wurde auch das Museum überflutet und die gesamte Ausstellung im Erdgeschoss vernichtet. Inzwischen ist das Gebäude renoviert und (August 2004) die Ausstellung neu und besser wieder eröffnet.
