Die Synagoge und der Name Pinkas wird erstmals im Jahr 1492 erwähnt. Es ist wahrscheinlich, daß es an dieser Stelle bereits vorher ein Bethaus oder eine Synagoge gab. Ausgrabungen zwischen 1968 und 1990 haben zu dieser Vermutung Anlass gegeben, weitere Belege müssen jedoch folgen.
Die Synagoge in der heutigen Široká ulice war Eigentum der Familie Horovsky. Jesaja Horovsky vererbte die Synagoge im Jahr 1519 an Aron Meschullam Horovsky, der die Synagoge im Jahr 1535 umbauen ließ. Horovsky war ein Urneffe des ursprünglichen Gründers der Synagoge, eines gewissen Rabbiners Pinkas. In den historischen Unterlagen werden Streitigkeiten zwischen der „rebellischen“ Familie der Pinkas mit den Alteingesessenen der Alt-Neu-Synagoge vermutet, die deswegen im Jahre 1472 auf einer Brachstelle unweit der Kirche des hl. Valentin eine Synagoge gründeten. Von dieser alten Synagoge sind Teile erhalten geblieben. Zwischen 1607 und 1625 kam es zum Anbau eines Renaissance-Sitzungssaales mit Kreuzgewölben, mit flachen steinernen Rippen und Kuppelfenstern, die außen mit einer Lisene geschmückt sind. Es entstand auch das Frauenschiff und eine mit Arkaden in den Saal des Hauptbetraumes geöffnete Galerie. Der Architekt des Umbaues, Juda Goldschmied de Herz, ist auf dem nebenan liegenden alten jüdischen Friedhof bestattet. Auf seinem Grabmal steht: „Am Dienstag, den 2. Tischri 5386 (1625). Hier ruht der weise und geschickte Mann Juda Goldschmied de Herz. Er war immer vorsichtig und verrichtete gottesfürchtig seine Gebete, er nährte sich durch seiner Hände Arbeit und nach seinen Plänen wurde der ganze Bau der Pinkassynagoge und eines Teils der Maislsynagoge durchgeführt. Er sei gepriesen.“
Von der Größe des Betsaals in der Pinkassynagoge zeugte die Zahl der Sitze. In seinem unteren Teil befanden sich 177, im Frauenteil 100, und auf der Galerie, die ausschließlich für Frauen bestimmt war, 143 Sitze. Die Pinkassynagoge wurde im Laufe der Jahrhunderte immer wieder Opfer von Überschwemmungen (zuletzt 2002). Als Folge von Hochwasserkatastrophen im 17. und 18. Jhdt. sank sie immer tiefer in den Boden ein und musste immer wieder renoviert werden.
Bei jeder Renovierung gingen ursprüngliche Verzierungen verloren, wurden Änderungen vorgenommen. Bis ins 19. Jahrhundert hinein wurden in der Pinkassynagoge Andenken an den 1432 in Spanien auf dem Scheiterhaufen verbrannten Juden Schlomo Molcho aufbewahrt, der an seinem jüdischen Glauben festhielt und deswegen verbrannt wurde.
In den Jahren 1922 – 1925 wurden die Grundmauern der mittelalterlichen Synagoge freigelegt, in den Jahren 1950 – 1953 auch der ursprüngliche Putz, in den siebziger Jahren wurde ein rituelles Bad, eine Mikwe, gefunden, später wurden weitere Renovierungsarbeiten durchgeführt.
Im Jahr 1960 wurde hier eine Gedenkstätte für die aus Böhmen und Mähren stammenden jüdischen Opfer des Nazifaschismus gegründet. 77.297 Namen wurden an den Wänden des Hauptschiffes als auch der anliegenden Räumlichkeiten verzeichnet. Im Hauptschiff sind die Namen der Prager Juden festgehalten. In alphabetischer Reihenfolge werden die Namen genannt, das Geburtsdatum und das Datum der Deportation in den Osten. In den Nachbarräumen stehen die Namen der Juden aus anderen Gemeinden Böhmens und Mährens. An der Wand, an der einst der Thoraschrein gestanden hat, liest man die Namen der Konzentrations- und Vernichtungslager, in denen diese Menschen ums Leben kamen.
