Ursprünglich sollte die Zivilbevölkerung Theresienstadt bis Ende April 1942 verlassen haben, doch die Räumung begann erst im Mai und zog sich bis Ende Juni hin.
Am 27. Juni 1942 wurde die nun von der Zivilbevölkerung zur Gänze geräumte Stadt der Ghettoverwaltung übergeben. Lediglich der Marktplatz mit der dort befindlichen Kommandantur, das ehemalige Hotel „Viktoria“ (nun SS-Kameradschaftsheim) mit dem dazwischen liegenden Brunnenpark und die damals noch unverlegte Verbindungsstraße Leitmeritz-Prag bildeten eine zusammenhängende Zone innerhalb der Stadt, die für die jüdische Bevölkerung nicht zugänglich war. Die verbotenen Zonen machten oft lange Umwege notwendig.
Am 1. Juli wurden die militärischen Kasernennamen und die zivilen Straßennamen abgeschafft und durch eine Kombination von Buchstaben und Ziffern ersetzt. Im Juni wurden dem Ghetto die ersten Zivilhäuser übergeben. Den Übergang vom „offenen“ zum „geschlossenen“ Lager kennzeichneten viele Anordnungen.
"Die Lagerkommandantur hat folgende Anordnungen zur Regelung des Sicherheitswesens im Ghetto getroffen:
a)Die Gendarmerie wird heute den 6. Juli 1942 um 12.30 aus den Kasernen abgezogen.
b) Die Ordnerwache übernimmt die Aufrechterhaltung der Ordnung im Ghetto. Demzufolge wird die Ordnerwache...den Wachdienst in den Kasernen in gleicher Weise ausüben, wie bisher die Gendarmerie. ....
c) Die Durchlaßscheine werden nicht mehr der Lagerkommandantur zur Unterschrift vorgelegt. Der Judenälteste...erhält die Ermächtigung, die Durchlaßscheine selbst zu unterfertigen. ....Die gesonderte Unterbringung...der Männer und Frauen bleibt aufrechterhalten, jedoch wird das Verbot des gegenseitigen Besuches aufgehoben. Die Begleitung von Arbeitsgruppen innerhalb der Stadt fällt weg. .... Personen, die die Stadtgrenze überschreiten (nach wie vor nur mit Durchlaßscheinen von der SS), haben ihre Bürgerlegitimation in der Wachstube der Gendarmerie an der Stadtgrenze abzugeben und bei der Rückkehr wieder abzuholen. ....
Der Ausgang aus den Kasernen wird wie folgt geregelt:
1. Alte arbeitsunfähige Personen können im Verlaufe des ganzen Tages bis sechs Uhr in Gruppen unter Verantwortung einer Begleitperson die Wohneinheit verlassen. ....
1. F ür die Kinder gelten die gleichen Bestimmungen...
3. Personen im arbeitsfähigem Alter können während des Tages bis sechs Uhr die Wohneinheit nur mit einem Durchlaßschein verlassen. ...
Alle Personen, die ihrer Arbeitspflicht entsprechen, können in der Zeit von 18– 21 Uhr ohne Durchlaßschein die Wohneinheit verlassen. Wer nach 21 Uhr noch dienstlich Arbeit zu leisten hat, muß sich mit einem Durchlaßschein nach 21 Uhr ausweisen können. Das Verweilen auf dem Hofe ist .. bis 22 Uhr gestattet. Um 22 Uhr ist Nachtruhe.
4. Das Betreten fremder Wohneinheiten ist nur jenen Personen gestattet, welche sich mit einem Durchlaßschein ausweisen können. Zwischen 18 und 21 Uhr ist der Zutritt .. frei.
5. Der Zutritt in die Betriebe, wie Bauhof, Zenrtralbäckerei und in die Schleuse ist nach wie vor nur mit Durchlaßschein gestattet, in dem ausdrücklich...der Name des Betriebes...angefügt ist.... (TB vom 6. 7. 1942)
Die Gendarmerieposten an den Kasernentoren wurden eingezogen und an den Ausfalltoren der Stadt und in den Festungswällen postiert. Die Kasernentore öffneten sich, und die jüdische Bevölkerung konnte sich nun innerhalb der Stadt frei bewegen. Die Leitung hatte alle Vorbereitungen getroffen, um der neuen Situation gerecht zu werden.
Das bisherige System der Durchlaßscheinausgabe wurde abgeändert. In Hinkunft...werden nur Durchlaßscheine gültig nach 21 Uhr ausgegeben. Die Ausgabe der Durchlaßscheine für die übrige Tageszeit entfällt. (TB vom 4. 9. 1942)."
Im August 1942 wurde die Kommandantur vom Gebäude neben der Kirche (Haus des Divisionsstabes) in das Haus der ehemaligen Sparkasse (Q 414) verlegt.
Am 4. Oktober wurde die Sperrstunde auf 20 Uhr vorverlegt.