Auf der rechten Seite des Gebäudes, zum Prager Tor hin, gab es während der Gestapogefängniszeit Stallungen, in denen u.a. die aus dem zerstörten Lidice nach Theresienstadt geführten Nutztiere (Pferde, Rinder, Schafe, Schweine) für die Bedürfnisse der SS-Offiziere gehalten wurden.
Das Gestapogefängnis Theresienstadt war eine Durchgangseinrichtung. Die Gefangenen wurden von hier aus zu den Gerichten, in Gefängnisse, Zuchthäuser und Konzentrationslager gebracht. Etwa 17,5 Prozent der in der Kleinen Festung inhaftierten Personen wurden von hier aus entlassen. In der Regel handelte es sich um Personen, die wegen Arbeitsverstößen kurzfristige Haftstrafen zu verbüßen hatten oder an Tuberkulose erkrankt waren. Über 20 Prozent wurden Nazigerichten überstellt, Hunderte von ihnen zum Tode verurteilt und hingerichtet. Bisher konnten 466 solcher Fälle festgestellt werden. Etwa 20 Prozent der Häftlinge der Kleinen Festung wurden in andere Konzentrationslager verbracht, nach Mauthausen, Buchenwald, Auschwitz, Flossenbürg und, wenn es sich um Frauen handelte, nach Ravensbrück, wo viele ihr Leben verloren. Viele Transporte gingen in andere Strafanstalten, nach Dresden, Bautzen, Zwickau, Bayreuth, Waldheim, Straubing, Ebrach und Berlin.