Die Frage des Abwassersystems war ähnlich schwierig wie die Frage der Wasserversorgung.

Die Abwässer aus dem Lager durften nicht zu einer Gefahr für die ganze Umgebung werden. Deswegen arbeiteten Ingenieure der =>Technischen Abteilung bereits Anfang 1942 an einem Klärsystem. Eine Kläranlage wurde jedoch nicht bewilligt, also mussten andere Möglichkeiten entwickelt werden. Theresienstadt ist Überschwemmungsgebiet und das alljährliche Frühjahrshochwasser mit Eisgang erforderte das Schließen der Schleusen. Dies hatte jedoch zur Folge, daß die Abwässer aus den Festungsgräben nicht mehr in die =>Eger abfließen konnten, sondern sich dort sammelten. Solange es in Theresienstadt nur eine kleine Zivilbevölkerung gab, war dies kein Problem. Die Ansammlung von Abwässern einer 60.000-Personen-Gemeinde stellte dagegen schon eine große Gefahr als Seuchenherd dar. Deswegen wurde eine Pumpstation geplant und gebaut, die die Abwässer an der Oberfläche bei Vereisung oder Hochwasser aus den Gräben in die =>Eger pumpen sollte. Die Einrichtung konnte jedoch nicht eingesetzt werden, da die elektrisch-technische Ausrüstung nie geliefert wurde.
Also musste man sich mit einem Provisorium zufrieden geben. Ein Absatzbassin wurde errichtet (135 m lang, 4 m breit, 1 m tief). Bei einer Stauhöhe von 70 cm und einer Absatzzeit von 30-40 Minuten war die Anlage, die immer wieder gechlort wurde, für 40.000 Personen ausgelegt. Der mitgeführte Schlamm wurde abgestrichen, abtransportiert und in der Landwirtschaft als Dünger genutzt (etwa 20 m³ pro Tag). Es war ein Provisorium. Anwohner am Unterlauf der =>Eger beschwerten sich immer wieder über die aus Theresienstadt stammenden Abwässer.