Der Nationalfriedhof liegt auf einem Areal zwischen der Allee, die zum Haupteingang der Kleinen Festung führt und der Straße nach Doksany (der früheren E 55).
Am 16. September 1945 wurden auf diesem Gelände 601 aus Massengräbern exhumierte Opfer des Gestapogefängnisses in Form eines Nationalbegräbnisses beigesetzt. Dies war der Grundstein für die Entstehung des Nationalfriedhofes in Theresienstadt. Bis 1958 wurden exhumierte Überreste von Häftlingen aus Theresienstadt, Litoměřice und Lovosice auf den Nationalfriedhof überführt und hier begraben. Auf dem Friedhof begraben liegen Opfer des Gestapogefängnisses, des Ghettos und des KZs „Richard“ in Litoměřice.
Waren es anfangs einfache Holzkreuze, so sind es heute flache in den Boden gegebene Grabsteine, die in Reihen angeordnet sind, die sich von der Kleinen Festung her in Richtung Stadt wie in einem Dreieck verjüngen. Zwischen den Grabsteinen, auf denen die Registriernummer des Toten oder auch Namen, Geburtsdatum und Todesdatum angegeben sind, steht ein kleiner Rosenstrauch.
Etwa 3.000 Einzelgrabstätten finden sich auf dem Friedhof, an der rechten langen Seite Massengräber, die durch einen hohen Betonsockel gekennzeichnet sind. In der Mitte des Friedhofes der zentrale Gedenkstein, der an die letzte Massenhinrichtung im Gestapogefängnis (2. Mai 1945: 52 Menschen) erinnert und auf dem bis vor wenigen Jahren Julius Fučik mit „Lidé bděte“ (Leute, seid wachsam) zitiert wurde. Insgesamt werden etwa 10.000 Menschen auf dem Nationalfriedhof bestattet sein.
1945 wurde im oberen Drittel des Friedhofes ein großes Holzkreuz errichtet.
1948, nach der Machtübernahme durch die Kommunisten, wurde dieses Holzkreuz als christliches Symbol entfernt. Mitte der Neunziger Jahre wurde das Kreuz inmitten des Friedhofes aufgrund einer Initiative des Bischofs von Litoměřice wieder aufgestellt. Dies erregte den Unmut vieler jüdischer Besucher, denn der Friedhof ist auch Ruhestätte für viele jüdische Opfer.
Deswegen wurde kurze Zeit später am oberen Rand des Friedhofs ein Magen David aufgestellt. Kreuz und Magen David bestimmen heute das Gesicht des Friedhofes. Noch niemand bemängelte, daß auf den Begräbnistafeln für jüdische Opfer des Friedhofes vor dem Todesdatum ein Kreuz statt eines Magen David in die Bronzetafel eingelassen ist.
Die Inschriften belegen, daß hier viele Menschen begraben liegen, die erst nach der Befreiung an den Folgen der Flecktyphusepidemie gestorben sind. Wir finden viele deutsch klingende jüdische Namen. Auf den Grabplatten keine Blumen, sondern Steine.
