Das Ghetto wurde von tschechischer Gendarmerie bewacht. Sie unterstand, etwa 150 bis 200 Mann stark, formell den tschechischen Landesbehörden, praktisch jedoch der SS. Sie hatte folgende Hauptaufgaben: Bewachung und Isolierung der Juden von der Außenwelt, Begleitung von Transporten und Arbeitskolonnen außerhalb der Kasernen (später nur außerhalb des Ghettos), Durchsuchung des Gepäcks von Neuankömmlingen und Bewachung der Arrestlokale, in denen Lagerinsassen gefangengehalten wurden, die gegen die Lagerordnung verstoßen hatten. In der Anfangsphase gab es Wachlokale im Eingangsbereich der Kasernen.
Die SS war bei der Auswahl der Gendarmen sehr vorsichtig. Kein Gendarm durfte Verwandte haben, auf die sich die Nürnberger Gesetze bezogen. Die Gendarmen der Sonderabteilung wurden regelmäßig abgelöst, bei verheirateten nach drei Monaten und bei ledigen Gendarmen nach sechs Monaten. Ein zweites Mal durfte ein Gendarm nicht abkommandiert werden. Die Beamten wurden ständig überprüft. Ein Beamter, der zu weich erschien, wurde abgelöst. Solidarität zwischen Gendarmen und Häftlingen sollte unbedingt vermieden werden.
Nach dem Krieg wurden die Gendarmen Emil Hašek und František Drahonowský verhaftet und von einem tschechischem Gericht abgeurteilt, der mit den Deutschen kollaborierende Stabskapitän Theodor Janeček starb am 9. März 1946 in der Haft.
Die meisten dieser tschechischen Gendarmen verhielten sich den Häftlingen gegenüber anständig, halfen oftmals mit Lebensmitteln oder beim Transport von Kassibern und drückten bei den Durchsuchungen ein Auge zu. Dies wird übereinstimmend von den überlebenden Häftlingen berichtet. Eine Ausnahme war der als Kollaborateur geltende und mit den Deutschen aufs engste zusammenarbeitende Kommandant der Gendarmerie Oberleutnant Janeček. Dieser brutale Mann, der jede Kleinigkeit den Deutschen anzeigte und den auch die Gendarmen fürchteten, sprach grundsätzlich nur deutsch.
Es gab Gendarmen, die sich nicht nur neutral verhielten, sondern den Häftlingen halfen, wo sie konnten. Einer von ihnen war Karel Salaba.
Die Gendarmerie war kaserniert. Die Gendarmen waren im alten Offizierskasino gegenüber dem Parkhotel untergebracht.
