Auf dem I. Hof der Kleinen Festung befinden sich eine Anzahl von Einzel- und Dunkelzellen, die bereits in den 30er Jahren des 19. Jahrhunderts gebaut worden waren und schon von den Österreichern gegenüber den Gefangenen als Strafverschärfung genutzt wurden. Hier waren Häftlinge, die sich in den Augen der SS etwas zuschulden kommen lassen hatten und vor allem jüdische Häftlinge unter schlimmsten Bedingungen eingepfercht. Die kleinen Lichtöffnungen konnten verschlossen werden, in manchen Zellen gab es keine Heizung und keine Lüftung. Hier wurden Häftlinge festgehalten, die zum Tode verurteilt waren oder auf dem gleich nebenan liegenden Folterhof erschlagen werden sollten.
In der (vom Hof aus) ersten Einzelzelle links war zu Österreichs Zeiten Gavrilo Princip inhaftiert, der wegen des Attentates auf den österreichischen Erzherzog Franz Ferdinand in Sarajewo 1914 hier zu lebenslangem schweren Kerker verurteilt war. Interessanterweise wurde diese Zelle während der Zeit des Gestapogefängnisses nicht belegt.