Theresienstadt war zwar ´jüdisches Siedlungsgebiet, aber da es den Nazis nicht um die jüdische Konfession sondern um die Ausmerzung der jüdischen ´Rasse´ ging, wurden von ihnen natürlich auch Christen verschiedener Konfessionen verfolgt, die selbst oder deren Vorfahren konvertiert waren. Kein anderes Ghetto als das in Theresienstadt hatte eine solch große christliche Minderheit. Der Grund lag wohl in der größeren Tauflust der mitteleuropäischen Juden und in behördlichen Gesichtspunkten, nach denen die Auswahl für Theresienstadt getroffen wurde. Neben römischen-katholischen Christen und Protestanten gab es Angehörige vieler anderer Kirchen und Sekten. Konfessionslosigkeit wurde vielfach verschwiegen, wohl auch deshalb, weil nichtkonfessionelle Juden nur ausnahmsweise hohe Ämter innerhalb der Ghettohierarchie bekleiden konnten.
Die Anzahl der ´nichtjüdischen Juden´ nahm in den Jahren zu, doch fehlen bis Oktober 1943 alle Unterlagen. Damals belief sich der Anteil der Christen auf etwa 9%, der der Konfessionslosen auf 6 %. Für die Zeit danach sind genauere Zahlen vorhanden:
Die nichtmosaischen Gruppen teilten sich folgendermaßen auf :
Bereits am 23. Dezember 1941 wurde per Tagesbefehl mitgeteilt, daß der Kirchenbesuch nicht erlaubt sei, aber Gottesdienste innerhalb der Gebäude abgehalten werden könnten.
Die Anzahl der Christen verschiedener Bekenntnisse, die infolge der nazistischen Rassengesetze ins Lager kamen, stieg im Jahre 1945 auf bis zu 36% der Gefangenen an. Obwohl ihnen in späterer Zeit kaum Schwierigkeiten bereitet und Versammlungsräume zugebilligt wurden, mußten sie doch als Minderheit durch ein ernstes religiöses Leben danach trachten, ihr Dasein in einem jüdischen Lager zu rechtfertigen. Die Katholiken waren besser organisiert als die vereinigten evangelischen Bekenntnisse. Unter den Katholiken standen die Wiener, unter den Protestanten die Holländer voran. Die Katholiken hatten nie einen ordinierten Priester, die Protestanten seit September 1944 einen Holländer. Regelmäßige Feiern und Andachten der großen Kirchenfeste wurden abgehalten.
Leo Baeck förderte den Frieden zwischen den Konfessionen und es verdient Erwähnung, daß er, dem das kulturelle Leben in Theresienstadt durch eigene Leistungen und wertvolle Hinweise so viel verdankte, auf Bitten der Katholiken in einem ihrer Zirkel Vorträge hielt.