Die Wachstuben liegen auf dem Verwaltungshof zwischen dem Geschäftszimmer und der Kammer. Sie bestehen aus vier Räumen, in denen die Aufseher ihren Dienst versahen. Hier befand sich in einem Extraraum auch das Büro des Kommandanten des Gestapogefängnisses Heinrich Jöckel.
Seit Juni 2005 sind die Wachstuben auf dem Verwaltungshof für die Besucher zugänglich. Die Räume wurden renoviert, die historischen Möbel wieder hergerichtet und aufgestellt.