Hinter der Schleusenbrücke befand sich ein in den Festungswall hineingebauter Trakt, der früher als Pferdestall genutzt wurde, bis 1943 aber leer stand. Als mehrere Hundert Männer aus dem Konzentrationslager Flossenbürg, die als Zwangsarbeiter in der „Grube Richard“ in Litoměřice (Leitmeritz) eingesetzt werden sollten, nach Theresienstadt kamen, wurden sie zunächst auf dem III. Hof (dem Frauenhof) untergebracht, die Frauen aber in den Zellentrakt hinter der Schleusenbrücke verlegt. Im Sommer 1944 wurden 60 jüdische Frauen, die mit einem Transport aus Köln wahrscheinlich irrtümlich in die Kleine Festung geleitet worden waren, hier untergebracht. Über ihr Schicksal gibt es unterschiedliche Angaben, aber keine der Frauen überlebte den Aufenthalt im Gestapogefängnis. Im November 1944, nach Ausbruch der Dysenterie-Epidemie, wurde hier ein 'Krankenhaus' eingerichtet, in dem die kranken Häftlinge isoliert werden konnten.