Im rückwärtigen Teil des Gebäudes befanden sich Zellen für Sonderhäftlinge. Diese Zellen unterschieden sich wesentlich von den Massenzellen der anderen Höfe. Sie waren klein und wurden höchstens von zwei Häftlingen bewohnt. Es gab Metallbetten mit Matratzen und Bettwäsche, Tische und Stühle. Die „Bewohner“ bekamen ihr Essen aus der SS-Küche, sie genossen Privilegien, konnten Bücher und Zeitungen lesen und Post empfangen. Sie durften sich tagsüber auf dem rückwärtigen Gelände bewegen und Besuche empfangen. Von den übrigen Häftlingen streng isoliert, wohnten hier Familienangehörige von Dr. Beneš, dem Leiter der tschechoslowakischen Exilregierung in London, ehemalige Minister der früheren tschechoslowakischen Regierung, Ausländer, wegen Wirtschaftsvergehen verurteilte Angehörige der SS und Dr. Krajina, der ehemalige Sekretär der tschechischen Volkssozialisten, der, wie sich später herausstellte, mit den Deutschen kollaborierte. Im Hof vor diesen Sonderzellen wurde im Jahr 1944 eine Holzbude errichtet, in der die Männer Kaninchenfelle abzuschaben hatten.

Ein Teil des Zellentraktes wird heute von jungen deutschen Freiwilligen als Wohnung für ihre Work Camps in Theresienstadt genutzt.